复杂性 复杂性 1099 - 0526 1076 - 2787 Hindawi 10.1155 / 2018/6204947 6204947 研究文章 一个结构区分由两部分构成的生物网络的可视化方法 http://orcid.org/0000 - 0003 - 1505 - 7053 Garcia-Algarra J。 1 2 牧师 j . M。 2 3 Mouronte m . L。 4 http://orcid.org/0000 - 0003 - 0706 - 4317 五一 J。 2 3 博尔加特 菲利普 1 Centro de Tecnologia y大学数字艺术(U-TAD) 拉斯维加斯Rozas 西班牙 u-tad.com 2 复杂的系统组 大学为马德里 马德里 西班牙 upm.es 3 ETSIAAB Departamento de Ingenieria Agroforestal 大学为马德里 马德里 西班牙 upm.es 4 计算机科学系 大学弗朗西斯科•德•维多利亚 马德里 西班牙 ufv.es 2018年 28 2 2018年 2018年 21 11 2017年 29日 01 2018年 28 2 2018年 2018年 版权©2018 j . Garcia-Algarra et al。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

两种不同公会的实体之间的交互都是普遍的生物学。他们可能会发生在分子水平上,像diseasome,或在人与生物的关系,如共生或寄生。这些交互是复杂的由两部分构成的网络。可视化是一个强大的工具来探索和分析,但最常见的情节,两偶图和交互矩阵,变得相当混乱在处理真正的生物网络。我们已经开发出两个新的类型的可视化,利用这些网络的结构属性来提高可读性。了一种叫做<我t一个l我c> k-core分解标识的节点组共享连接属性。结果分析可以建立一个情节基于信息减少(极坐标图),另一个以小组为基本块空间分布(金字形神塔图)。我们描述情节和软件的应用程序创建它们。 y Competitividad Ministerio de隐藏 mtm2015 - 63914 p 1。介绍<gydF4y2Ba/title> <p>网络科学生物研究各种尺度是一个强大的工具:分子(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B1"> 1<gydF4y2Ba/xref>- - - - - -<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B3"> 3<gydF4y2Ba/xref>),基因(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B4"> 4<gydF4y2Ba/xref>- - - - - -<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B6"> 6<gydF4y2Ba/xref>),个人(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B7"> 7<gydF4y2Ba/xref>,<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B8"> 8<gydF4y2Ba/xref>),和社区(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B9"> 9<gydF4y2Ba/xref>,<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B10"> 10<gydF4y2Ba/xref>]。概念框架是有效的,这一事实了理论和应用的发展。生物网络的一个重要部分是由两部分构成的。他们有两个不同类型的节点。每一个可能与节点相反的公会但从来没有同行。<gydF4y2Ba/p> <p>宿主-病原体,Gene-protein,和捕食者-猎物互动是由两部分构成的生物网络的基础。一个常见的结构属性的中心-外围组织(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B11"> 11<gydF4y2Ba/xref>- - - - - -<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B13"> 13<gydF4y2Ba/xref>]。在生态学这一事实是众所周知的。在互惠的社区有一群非常相互连接的节点,<米onospace> 多面手<gydF4y2Ba/monospace>,提供稳定和恢复力(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B14"> 14<gydF4y2Ba/xref>]。物种的链接(<米onospace> 学位<gydF4y2Ba/monospace>)与专家。这个性质叫做nestedness,有不同的指标来衡量其强度(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B15"> 15<gydF4y2Ba/xref>]。另一个重要的结构特征是模块化、占少数节点的存在有大量的链接(也称为<我t一个l我c> 学位<gydF4y2Ba/italic>)在一个网络稀疏(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B16"> 16<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <p>在许多情况下感兴趣的问题不是网络的泛化性能,而是一个特定系统本身的研究。在这些字段处理复杂系统,科学家们更感兴趣的是找到特殊关系或理解一个特定的节点的作用比他们的统计特性。更详细,定性而不是定量分析在复杂网络的关系可能更有用一些研究者在医学、生物学、社会学、甚至经济。可视化可能扮演重要的角色在网络分析数据与人之间为一个接口<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B17"> 17<gydF4y2Ba/xref>- - - - - -<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B19"> 19<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <p>可能的应用是广泛的范围<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B20"> 20.<gydF4y2Ba/xref>]。例如,一个野外生态学家可以确定中央和那些最濒危物种在一个社区,一个良好的网络图。临床研究员可能检测到异常复杂gene-protein关联。在探索阶段(可视化是一个重要的过程<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B21"> 21<gydF4y2Ba/xref>),需要快速和交互式应用程序能够解决结构。通用网络分析应用程序<我t一个l我c> Gephi<gydF4y2Ba/italic>(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B22"> 22<gydF4y2Ba/xref>)是一个快速概述一个不错的选择,但策划由两部分构成的布局不是他们的主要目的。虽然很多努力已经投入开发,这些工具为一式两份的生物设计可视化仍然稀缺(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B23"> 23<gydF4y2Ba/xref>- - - - - -<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B28"> 28<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <p>最常见的情节在文学是两偶图和交互矩阵,两种方式想象双方的任何形式的网络。在<我t一个l我c> 两偶图<gydF4y2Ba/italic>,两类节点绘制平行线。交互出现,其中(图的链接<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig1a"> 1(一)<gydF4y2Ba/xref>)。一方面,它非常简单,因为它表明公会的分离。另一方面,不容易遵循间接交互,同一个类的两个节点之间由一条相反的普通节点连接起来。他们没有多少相关关系网络(journals-authors movies-actors) [<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B30"> 34<gydF4y2Ba/xref>),但在许多生物网络是极其重要的。他们最终创建反馈循环,增加复杂性和新兴的属性源自它(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B31"> 35<gydF4y2Ba/xref>,<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B32"> 36<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <fig-group id="fig1"> <label>图1<gydF4y2Ba/label> <p>互惠社区在特内里费,加那利群岛(西班牙),68种和129的链接<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B29"> 29日<gydF4y2Ba/xref>]。在互利共生,物种分为两不相交的公会,如植物和传粉昆虫或植物和种子的作用。物种之间关系相同的行会被禁止。(一)一式两份的这个社区的阴谋。(b)相互作用矩阵。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig1a"> <label>(一)<gydF4y2Ba/label> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.001a"></graphic> </fig> <fig id="fig1b"> <label>(b)<gydF4y2Ba/label> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.001b"></graphic> </fig> </fig-group> <p>对于网络有超过75个节点,一式两份的情节非常混乱。很难区分个人遵循间接交互链接和不可能的。积累之间的空间联系公会创建所谓的<我t一个l我c> 毛团效应<gydF4y2Ba/italic>(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B33"> 37<gydF4y2Ba/xref>),但双方的阴谋的主要缺点是,它不显示网络分层结构。<gydF4y2Ba/p> <p>在<我t一个l我c> 交互矩阵<gydF4y2Ba/italic>,节点的一个公会排列行和物种的相反的行会列。填充细胞标志着两个物种之间的相互作用(图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig1b"> 1 (b)<gydF4y2Ba/xref>)。与交互矩阵可以直观地发现nestedness和模块化的模式,所以它更富有表现力的表示结构。另一方面,间接相互作用更明显比由两部分构成的阴谋。矩阵也变得难以解释当节点和链接的数量增加。<gydF4y2Ba/p> <p>克服两偶图的缺点和交互作用矩阵,有两种可能的攻击策略:减少信息或利用已知的网络特征点在空间节点和链接。在本文中,我们说明一式两份的生物网络的结构特性两个新类型的可视化的基础。都依赖于一个经典的技术<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M1"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 生水起分解<gydF4y2Ba/italic>(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B34"> 38<gydF4y2Ba/xref>]。我们还描述交互式应用程序的阴谋。<gydF4y2Ba/p> </sec> <sec id="sec2"> <title>2。情节<gydF4y2Ba/title> <p>这项研究背后的基本原理是,当生物网络并不是随机的,这一事实应该提供一个自然的方式来组织节点使用他们的拓扑性质。这些组织必须空间分布的基础上,最大限度地减少毛团的效果,此外,结构意义。<gydF4y2Ba/p> <p>的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M2"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 生水起分解<gydF4y2Ba/italic>是一个快速和有效的技术集群节点的连接属性(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B35"> 39<gydF4y2Ba/xref>,<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B36"> 40<gydF4y2Ba/xref>]。的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M3"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 生水起<gydF4y2Ba/italic>的图<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M4"> <mml:mrow> <mml:mi> G<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>最大连通子图的学位<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M5"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。每个节点的核心<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M6"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>(称为<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M7"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 壳牌<gydF4y2Ba/italic>至少)联系<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M8"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>其他节点属于相同的核心。这个定义的实际含义是,节点分类根据其连通性。最里面的壳是最高的集合<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M9"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>索引节点。节点与更高的学位<我t一个l我c> 多面手<gydF4y2Ba/italic>。作为<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M10"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>指数减少,节点变得更加专业。通常的方法来识别<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M11"> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mtext> - - - - - -<gydF4y2Ba/mml:mtext> <mml:mi> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:math> </inline-formula>是一个子集<我t一个l我c> 修剪<gydF4y2Ba/italic>算法:一开始修剪节点只有一个链接时,递归。这个节点构成的子集<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>。剩余的节点通过至少两个链接。在下一步中一个提取节点只有两个链接,还递归;这个子集<我t一个l我c> 2-shell<gydF4y2Ba/italic>。等等。这个过程有助于识别的节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M12"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>壳牌与网络。我们指的是(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B37"> 41<gydF4y2Ba/xref>为进一步的细节<米onospace> k-core<gydF4y2Ba/monospace>分析由两部分构成的网络。<gydF4y2Ba/p> <p>由于我们定义两个大小的分析。第一个是<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M13"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M14"> <mml:msubsup> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msubsup> <mml:mo stretchy="false"> (<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo stretchy="false"> )<gydF4y2Ba/mml:mo> </mml:math> </inline-formula>的节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M15"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>的公会<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M16"> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>是所有节点的平均距离的最内层的公会吗<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M17"> <mml:mrow> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>(设置<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M18"> <mml:mrow> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mi> C<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>)。<d我年代p-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M19"> <mml:mtable> <mml:mlabeledtr id="EEq1"> <mml:mtd> <mml:mtext> (1)<gydF4y2Ba/mml:mtext> </mml:mtd> <mml:mtd> <mml:msubsup> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msubsup> <mml:mfenced separators="|"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:mfenced> <mml:mo> =<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mfrac> <mml:mrow> <mml:mn mathvariant="normal"> 1<gydF4y2Ba/mml:mn> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mfenced open="|" close="|" separators="|"> <mml:mrow> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mi> C<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:mrow> </mml:mfenced> </mml:mrow> </mml:mfrac> <mml:mrow> <mml:munder> <mml:mstyle displaystyle="true"> <mml:mo stretchy="false"> ∑<gydF4y2Ba/mml:mo> </mml:mstyle> <mml:mrow> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ∈<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:msup> <mml:mrow> <mml:mi> C<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msup> </mml:mrow> </mml:munder> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> t<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:mrow> <mml:mi class="cond"> </mml:mi> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ∈<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ,<gydF4y2Ba/mml:mo> </mml:mtd> </mml:mlabeledtr> </mml:mtable> </mml:math> </disp-formula>在哪里<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M20"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> t<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>从节点的最短路径吗<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M21"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>的公会<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M22"> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>到节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M23"> <mml:mrow> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>的公会<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M24"> <mml:mrow> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。在一个直观的方式,<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M25"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>措施多远节点从最外壳相连,该集团网络的基石。<gydF4y2Ba/p> <p>第二个大小是<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M26"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。它被定义为的倒数之和的互惠的价值<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M27"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>邻居节点:<d我年代p-formula> <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M28"> <mml:mtable> <mml:mlabeledtr id="EEq2"> <mml:mtd> <mml:mtext> (2)<gydF4y2Ba/mml:mtext> </mml:mtd> <mml:mtd> <mml:msubsup> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msubsup> <mml:mfenced separators="|"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:mfenced> <mml:mo> =<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mrow> <mml:munder> <mml:mstyle displaystyle="true"> <mml:mo stretchy="false"> ∑<gydF4y2Ba/mml:mo> </mml:mstyle> <mml:mrow> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:munder> <mml:mrow> <mml:mfrac> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:msubsup> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msubsup> <mml:mfenced separators="|"> <mml:mrow> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:mfenced> </mml:mrow> </mml:mfrac> </mml:mrow> </mml:mrow> <mml:mi class="cond"> </mml:mi> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ∈<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ,<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mo> </mml:mo> <mml:mo> </mml:mo> <mml:mo> ∀<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ∈<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ,<gydF4y2Ba/mml:mo> </mml:mtd> </mml:mlabeledtr> </mml:mtable> </mml:math> </disp-formula>在哪里<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M29"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>相互作用矩阵的元素,代表了链接,视为二进制(1如果<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M30"> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> <mml:mo> ><gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mn mathvariant="normal"> 0<gydF4y2Ba/mml:mn> </mml:math> </inline-formula>,如果<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M31"> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> j<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> <mml:mo> =<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mn mathvariant="normal"> 0<gydF4y2Ba/mml:mn> </mml:math> </inline-formula>)。请注意,<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M32"> <mml:msubsup> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msubsup> <mml:mfenced separators="|"> <mml:mrow> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:mfenced> </mml:math> </inline-formula>是一个加权的程度。<gydF4y2Ba/p> <sec id="sec2.1"> <title>2.1。极地的阴谋<gydF4y2Ba/title> <p>的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M33"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 生水起<gydF4y2Ba/italic>分解有助于可视化非常大的系统和网络,了解它们的结构<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B38"> 42<gydF4y2Ba/xref>,<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B39"> 43<gydF4y2Ba/xref>]。特别是,<我t一个l我c> 指纹的阴谋<gydF4y2Ba/italic>使用极坐标系统[<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B40"> 44<gydF4y2Ba/xref>]。节点描述距离成正比的壳属于及其区域程度成正比。情节只包含链接的一小部分。有一些变化的原则<我t一个l我c> edge-bundling<gydF4y2Ba/italic>(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B41"> 45<gydF4y2Ba/xref>),合并节点和链接创建一个更具可读性的情节(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B42"> 46<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <p>以这个概念为起点,我们构建<我t一个l我c> 极坐标图<gydF4y2Ba/italic>。差异是值得注意的。第一个是由两部分构成的网络的性质,所以空间分为两个尖端,每个公会一个。节点为每个公会形状也不同。本情节概述多远的核心节点,与此同时,他们的连接(通过标记的大小),<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M34"> <mml:mi> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mtext> - - - - - -<gydF4y2Ba/mml:mtext> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:math> </inline-formula>他们属于(通过标记的颜色)。这个可视化是有趣的检测网络上的一些特点;例如,一个好保税核心将最内层的外壳的距离<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M35"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>等于1,和一个嵌套网络将显示接近核心的外围。这图显示了外围网络连接的节点不那么相关标记远离核心,它允许检测高度连接节点不属于核心。角不传递信息;算法计算减少节点重叠。链接不显示。<gydF4y2Ba/p> <p>或者,用户可以选择显示的直方图<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M36"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>,<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M37"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>,<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M38"> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mtext> - - - - - -<gydF4y2Ba/mml:mtext> <mml:mi> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:math> </inline-formula>。的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M39"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>柱状图显示分布的网络核心节点的距离。的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M40"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>直方图程度分布非常相似但noninteger垃圾箱,由于权重的定义。最有趣的是柱状图<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M41"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>;一个典型的嵌套网络展览一个u型的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M42"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>直方图。这种形状的分布与一个大核心和众多外围节点;一个l形柱状图与网络有太多外围节点和一个小的核心。<gydF4y2Ba/p> <p>图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig2"> 2<gydF4y2Ba/xref>的极坐标图开始装配特征高度集中的节点在最内层的壳。躺在大多数节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M43"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>1圈,但是有一个明智的边远物种的数量。这个网络是适度嵌套(<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M44"> <mml:mi mathvariant="normal"> N<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> O<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> D<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> F<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> =<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mn mathvariant="normal"> 29日<gydF4y2Ba/mml:mn> </mml:math> </inline-formula>,NODF是一种常见的测量范围从0到100的nestedness [<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B44"> 47<gydF4y2Ba/xref>])。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig2"> <label>图2<gydF4y2Ba/label> <p>极坐标图开始装配的图瓦(俄罗斯)的直方图<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M45"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>,<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M46"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>,<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M47"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>的37个物种<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B43"> 30.<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.002"></graphic> </fig> </sec> <sec id="sec2.2"> <title>2.2。金字形神塔图<gydF4y2Ba/title> <p>极坐标图没有显示网络链接,因为它减少了信息工作的策略。这项研究的最终目标是建立一个新型的与尽可能多的细节图。基本思想是分组的节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M48"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。如果我们坚持相同的节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M49"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> n<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> x<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>减少区域,链接在同一壳节点不会散布在整个空间。只有与他们的边缘在不同的壳长路径。每组节点的后退stepped-shape提醒我们古代美索不达米亚的寺庙,我们称之为第二种情节<我t一个l我c> 金字形神塔<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> <p>这个简单的原则并不是那么容易实现。网络的一式两份的性质意味着链接必须从一个行会的相反。<gydF4y2Ba/p> <p>中心-外围组织意味着有很多关系<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>节点对上<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M50"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>组。节点与高度容易被周围视觉窒息两偶图的链接。看到植物物种数字1、2、3、4在图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig1"> 1<gydF4y2Ba/xref>。这个挑战是一个可怕的障碍。<gydF4y2Ba/p> <p>画一个金字形神塔的一般程序如下:<l我年代t><l我年代t- - - - - -我te米><l一个bel>(1)<gydF4y2Ba/label> </list-item> </list></p> <p>执行<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M51"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 核心<gydF4y2Ba/italic>分解并分配其每个节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M52"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> <list-item> <label>(2)<gydF4y2Ba/label> <p>计算<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M53"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>和<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M54"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。<gydF4y2Ba/p> </list-item> <list-item> <label>(3)<gydF4y2Ba/label> <p>画的最高<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M55"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>每个工会作为一个群体的壳堆矩形命令<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M56"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>和降低高度。<gydF4y2Ba/p> </list-item> <list-item> <label>(4)<gydF4y2Ba/label> <p>(<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M57"> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> <<gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 米<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> x<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:math> </inline-formula>)和(<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M58"> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mo> ><gydF4y2Ba/mml:mo> <mml:mn mathvariant="normal"> 2<gydF4y2Ba/mml:mn> </mml:math> </inline-formula>)画物种组堆叠矩形,用最小的一个<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M59"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>为基础。提高基础上根据他们的位置<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M60"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> </list-item> <list-item> <label>(5)<gydF4y2Ba/label> <p>画<我t一个l我c> 1-index<gydF4y2Ba/italic>物种的矩形外阴谋的一部分。如果两个或多个节点<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>与相同的节点壳高,合并成一个矩形。<gydF4y2Ba/p> </list-item> <list-item> <label>(6)<gydF4y2Ba/label> <p>画异常值,链<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>节点与其他<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>节点。<gydF4y2Ba/p> </list-item> <list-item> <label>(7)<gydF4y2Ba/label> <p>画节点断开连接的组件作为一个小的一式两份的阴谋下区域的图。<gydF4y2Ba/p> </list-item> <list-item> <label>(8)<gydF4y2Ba/label> <p>吸引链接。<gydF4y2Ba/p> </list-item> <p></p> <p>图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig3"> 3<gydF4y2Ba/xref>显示了一个金字形神塔阴谋正在建设之中。它是相同的网络图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig1"> 1<gydF4y2Ba/xref>。的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M61"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 生水起<gydF4y2Ba/italic>分解让每个物种在一个壳;我们不显示的节点<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>在这个时刻。的最大<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M62"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>这个社区是4。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig3"> <label>图3<gydF4y2Ba/label> <p>金字形神塔积木阴谋。蓝盒子代表公会的节点<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M63"> <mml:mrow> <mml:mi> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>和红框节点的公会<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M64"> <mml:mrow> <mml:mi> B<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。最里面的核心网络<我t一个l我c> 4-shell<gydF4y2Ba/italic>和节点块与平行轴是一致的。通天塔的<我t一个l我c> 3-shell<gydF4y2Ba/italic>和<我t一个l我c> 2-shell<gydF4y2Ba/italic>构建堆积节点下令减少<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M65"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。固体灰色节点之间的链接关系<我t一个l我c> 4-shell<gydF4y2Ba/italic>的虚线灰色链接就是一个例子相同的两个物种之间的联系<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M66"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 壳牌<gydF4y2Ba/italic>和绿色链接连接节点的不同<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M67"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> h<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> l<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。<gydF4y2Ba/p> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.003"></graphic> </fig> <p>最里面的壳<我t一个l我c> (4-shell)<gydF4y2Ba/italic>发现的中心情节,略向左边。节点是长方形的,下令<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M68"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> g<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> e<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。高度下降只是策划方便。两个公会的高光位置画其中的链接留下了空间。在图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig3"> 3<gydF4y2Ba/xref>我们已经绘制三个连接<我t一个l我c> 传粉者1<gydF4y2Ba/italic>对植物的<我t一个l我c> 4-shell<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> <p>较低的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M69"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 贝壳<gydF4y2Ba/italic>金字塔形状,节点下令提升<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M70"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>,所以<我t一个l我c> 传粉者7<gydF4y2Ba/italic>最接近的壳在吗<我t一个l我c> 3-shell<gydF4y2Ba/italic>。链接里面的shell(灰色颜色)连接左边的矩形<我t一个l我c> (植物4-pollinator 9)<gydF4y2Ba/italic>。联系两个不同的壳(绿色)连接的右侧最高<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M71"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>节点的左边一个最低<我t一个l我c> (植物17-pollinator 7)<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> <p> <italic> 3-shell<gydF4y2Ba/italic>从水平轴比通天塔更遥远<我t一个l我c> 2-shell<gydF4y2Ba/italic>的通天塔。他们向上或向下移动,可以改变内部杏仁状的面积空间定义的通天塔和最内层的壳牌三角形。这个区域是关键,因为链接<我t一个l我c> 4-shell<gydF4y2Ba/italic>躺在这里,不过内心的通天塔。<gydF4y2Ba/p> <p>外太空的<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>节点的家。我们把他们分成三组:局外人,反面,和链专家。外人节点断开巨人组件。他们不同寻常的记录生态网络,因为根据定义,他们不与社区的互动。这个网络缺乏外界。尾节点直接连接到更高<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M72"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>节点。他们非常普遍,并减少我们应用一个简单的行数分组规则。如果<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M73"> <mml:mrow> <mml:mi> n<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>尾巴与诸神的同一物种,我们把它们在一个独特的盒子只有一个链接。链专家不太频繁。他们建立的节点<我t一个l我c> 1-shell<gydF4y2Ba/italic>其中有关;与更高的边缘<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M74"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>- - - - - -<我t一个l我c> 指数<gydF4y2Ba/italic>壳牌是根节点<我t一个l我c> (植物13)<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> <p>把一切放在一起,我们获得的金字形神塔阴谋图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig4"> 4<gydF4y2Ba/xref>。这可能是与两偶图相同的网络(图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig1"> 1<gydF4y2Ba/xref>)。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig4"> <label>图4<gydF4y2Ba/label> <p>金字形神塔相同的情节plant-pollinator社区在特内里费,加那利群岛(西班牙),显示在图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig1"> 1<gydF4y2Ba/xref>。<gydF4y2Ba/p> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.004"></graphic> </fig> <p>链接是画直线或曲线,使图更加吸引眼球。如果链接是加权,设置每个链接的宽度成正比的交互强度的函数是可选的。<gydF4y2Ba/p> <p>注意,对于一个给定的节点,主要对于那些有高的链接<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M75"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>件化学品——炮弹。这个情节很容易观察有多少链接离开一个节点高和低<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M76"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>件化学品——炮弹。一个也可以判断一个节点连接到更高<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M77"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>外壳比另一个,然后,如果对网络更重要。<gydF4y2Ba/p> </sec> </sec> <sec id="sec3"> <title>3所示。探索性分析使用< inline-formula > < mml:数学xmlns: mml = " http://www.w3.org/1998/Math/MathML " id = "还有M78 " > < mml: mrow > < mml: mi > k < / mml: mi > < / mml: mrow > < / mml:数学> < / inline-formula >生水起阴谋<gydF4y2Ba/title> <p>金字形神塔图揭示结构细节,很难想象两偶图。图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig5"> 5<gydF4y2Ba/xref>是一个网络协会在人类疾病和非编码RNA (lncRNA);我们参考比较的原始论文一式两份的可视化(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B45"> 31日<gydF4y2Ba/xref>]。它是一个小型网络与39节点和较低的连通性,仅44链接。最高学位lncRNA节点是8号(XIST),在双方的情节像最中央的一个。金字形神塔显示一眼,尽管其高连接,它出现在与疾病属于链的专家。另一方面,乳腺癌等疾病和急性髓系白血病与多个相关联<我t一个l我c> lncRNAs<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig5"> <label>图5<gydF4y2Ba/label> <p>lncRNA-disease协会网络(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B45"> 31日<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.005"></graphic> </fig> <p>网络图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig6"> 6<gydF4y2Ba/xref>稍大,29日基因签名用于预测乳腺癌的再手术治疗反应和19通路不同类型的癌症(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B46"> 32<gydF4y2Ba/xref>]。一式两份的情节难以理解的原始论文,因为数量的关系,149。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig6"> <label>图6<gydF4y2Ba/label> <p>基因的路径协会网络(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B46"> 32<gydF4y2Ba/xref>]。<gydF4y2Ba/p> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.006"></graphic> </fig> <p>图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig6"> 6<gydF4y2Ba/xref>比图显示了一个网络具有更强的层次结构<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig5"> 5<gydF4y2Ba/xref>。识别与通路相关的基因最常见的癌症是非常简单的。<gydF4y2Ba/p> <p>的主要应用极坐标图是网络即使他们的视觉比较大小是不同的。图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig7"> 7<gydF4y2Ba/xref>是disease-cofactor网络的一个子集。作者选择疾病与至少5 cofactor-interacting蛋白质(39节点),商议两偶图7所示。金字形神塔图(图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig7a"> 7(一)<gydF4y2Ba/xref>显示了一个极其嵌套结构)的子集,选择规则的效果。完整的网络的极坐标图(图<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig7b"> 7 (b)<gydF4y2Ba/xref>),414个节点,显示一个更丰富的结构。分布在更大范围的疾病<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M79"> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> <mml:mrow> <mml:mi mathvariant="normal"> r<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 一个<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> d<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 我<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> u<gydF4y2Ba/mml:mi> <mml:mi mathvariant="normal"> 年代<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:msub> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula>。大多数代数余子式有很高的学位,没有过滤;疾病发生了相反的节点。<gydF4y2Ba/p> <fig-group id="fig7"> <label>图7<gydF4y2Ba/label> <p>Disease-cofactor网络(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B47"> 33<gydF4y2Ba/xref>]。(一)神的情节子集。(b)极坐标图的完整网络。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig7a"> <label>(一)<gydF4y2Ba/label> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.007a"></graphic> </fig> <fig id="fig7b"> <label>(b)<gydF4y2Ba/label> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.007b"></graphic> </fig> </fig-group> <p>这些数据是一个小样本的重要性选择良好的可视化工具的正确分析网络的分解。<gydF4y2Ba/p> </sec> <sec id="sec4"> <title>4所示。软件<gydF4y2Ba/title> <p>的<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M80"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 生水起<gydF4y2Ba/italic>分析和策划的金字形神塔和极地图作为一个开源的应用程序提供。<gydF4y2Ba/p> <sec id="sec4.1"> <title>4.1。kcorebip包<gydF4y2Ba/title> <p>的<米onospace> R<gydF4y2Ba/monospace>包<米onospace> kcorebip<gydF4y2Ba/monospace>包含函数执行分析和绘制网络的静态图。它附带了一组网络用于测试目的。生态数据的下载<我t一个l我c> 网络的生活<gydF4y2Ba/italic>数据库(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B48"> 48<gydF4y2Ba/xref>]。的格式<我t一个l我c> 网络的生活<gydF4y2Ba/italic>文件已经成为一个标准<我t一个l我c> 事实上的<gydF4y2Ba/italic>它的简单,<米onospace> kcorebip<gydF4y2Ba/monospace>遵循相同的公约输入文件。<gydF4y2Ba/p> <p>这个函数<米onospace> network_k_analysis<gydF4y2Ba/monospace>计算<我t一个l我c> k-magnitudes<gydF4y2Ba/italic>和其他有用的索引,使用提供的功能包<米onospace> 一式两份的<gydF4y2Ba/monospace>和<米onospace> igraph<gydF4y2Ba/monospace>(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B49"> 49<gydF4y2Ba/xref>,<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B50"> 50<gydF4y2Ba/xref>]。有关详细信息,请参考用户手册。<gydF4y2Ba/p> <p>金字形神塔和极坐标图使用基本的调用<米onospace> ggplot2<gydF4y2Ba/monospace>图形包(<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B51"> 51<gydF4y2Ba/xref>]。我们从头开始计算坐标和大小,而不是依靠其他网络策划库。<gydF4y2Ba/p> </sec> <sec id="sec4.2"> <title>4.2。交互式应用程序<gydF4y2Ba/title> <p>的<米onospace> kcorebip<gydF4y2Ba/monospace>包是一个强大的解决方案,研究人员和编程技能,需要高质量的科学出版物,情节但探索性分析需要更互动的方法。  <米onospace> BipartGraph<gydF4y2Ba/monospace>设计时考虑到这种需求。<gydF4y2Ba/p> <p>技术的选择是<米onospace> 闪亮的<gydF4y2Ba/monospace>,<米onospace> R<gydF4y2Ba/monospace>反应性编程环境。它有一个本地的优势后端和一个<米onospace> JavaScript<gydF4y2Ba/monospace>的用户界面,可以很容易扩展。这种组合的技术确保了宽与最常见的操作系统的兼容性。<gydF4y2Ba/p> <p>的<米onospace> 互动的金字形神塔<gydF4y2Ba/monospace>的主要特征<米onospace> BipartGraph<gydF4y2Ba/monospace>。原始的实现<米onospace> kcorebip<gydF4y2Ba/monospace>包只提供了<米onospace> ggplot2<gydF4y2Ba/monospace>对象显示或保存。创建一个交互式版本我们面临两个主要的选择,复制代码与一个动态的技术或扩展<米onospace> kcorebip<gydF4y2Ba/monospace>。我们发现一个快速,几乎不创建一个解决方案<米onospace> SVG<gydF4y2Ba/monospace>对象。梯形金字塔是一组矩形、线条和文本。最耗时的任务是网络分析和空间分布。这些计算只执行一次,而且每一个<米onospace> ggplot2<gydF4y2Ba/monospace>元素的功能块,它创造了<米onospace> SVG<gydF4y2Ba/monospace>等价的。<gydF4y2Ba/p> <p>浏览器显示<米onospace> SVG<gydF4y2Ba/monospace>金字形神塔为用户与多个选项:工具提示,选择一个节点或一个链接,突出连接,放大和缩小。此外,第二面板显示信息突出显示维基百科(图节点和可用的信息<xregydF4y2Baf ref-type="fig" rid="fig8"> 8<gydF4y2Ba/xref>)。<gydF4y2Ba/p> <fig id="fig8"> <label>图8<gydF4y2Ba/label> <p>神交互式用户界面。在Garajonay Plant-pollinator组装,加那利群岛(西班牙),记录下奥尔森,突显出授粉物种11号,<我t一个l我c> Gonepteryx克利奥帕特拉<gydF4y2Ba/italic>。<gydF4y2Ba/p> <graphic xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.fig.008"></graphic> </fig> <p>配置板使情节容易修改属性。视觉和直观的闪亮的控制,滑块或复选框、隐藏的输入参数的复杂性<米onospace> ziggurat_graph<gydF4y2Ba/monospace>函数。<gydF4y2Ba/p> <p>在任何时候,用户可以下载高质量、高分辨率静态情节的<米onospace> 可打印的金字形神塔<gydF4y2Ba/monospace>选择。为了繁殖的结果或在其他环境中,包括图等<米onospace> R减价<gydF4y2Ba/monospace>或<米onospace> Jupyter<gydF4y2Ba/monospace>笔记本电脑,我们添加了<米onospace> 下载生成代码<gydF4y2Ba/monospace>按钮。当点击时,<米onospace> BipartGraph<gydF4y2Ba/monospace>写一个文件过去<米onospace> ziggurat_graph<gydF4y2Ba/monospace>电话,可以使用在任何<米onospace> R<gydF4y2Ba/monospace>脚本。<gydF4y2Ba/p> <p>没有互动版本的<米onospace> 极地<gydF4y2Ba/monospace>情节,我们认为网络探索与金字形神塔要容易得多。用户可能会产生静态极坐标图,高质量的可下载<米onospace> PNG<gydF4y2Ba/monospace>文件,并生成代码,以同样的方式,我们已经解释了神。<gydF4y2Ba/p> </sec> </sec> <sec id="sec5"> <title>5。结论<gydF4y2Ba/title> <p>由两部分构成的生物网络是非常有用的可视化研究人员感兴趣时路径从一个节点或扫描后的结构网络。使用<我nl我ne- - - - - -formula> <mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" id="M81"> <mml:mrow> <mml:mi> k<gydF4y2Ba/mml:mi> </mml:mrow> </mml:math> </inline-formula> <italic> 生水起<gydF4y2Ba/italic>分解我们设计和开发了两个新的图形,通过减少信息(极坐标图)和空间分组连接(金字形神塔图)。他们提供了两种互补的内部网络结构的观点。<gydF4y2Ba/p> <p>我们想强调的重要性,选择一个正确的复杂网络的可视化,特别是由两部分构成的网络,有助于正确理解大量的网络节点和高密度。<gydF4y2Ba/p> <p>我们基准测试工具与生态的完整收集生命的web数据库由两部分构成的集合。金字形神塔情节仍然可读250个节点,也就是说,大约四倍的极限一式两份的阴谋。网络之外的极坐标图工作正常大小,因为它减少了信息工作,支付的价格细节的损失。<gydF4y2Ba/p> <p>软件是开源的,一个非常松散的MIT许可下,有两种版本。这个包<米onospace> kcorebip<gydF4y2Ba/monospace>为研究人员提供了全功能的最低<米onospace> R<gydF4y2Ba/monospace>编程技能。应用程序<米onospace> BipartGraph<gydF4y2Ba/monospace>是完全成熟的交互式的环境为这个公共构建这两种类型的图表。以用户为中心的设计使它非常容易掌握,提供了一些额外的特性,是开放教育等新领域的应用。<gydF4y2Ba/p> </sec> <back> <sec> <title>数据可用性<gydF4y2Ba/title> <p>相互作用矩阵的生活从网上下载数据库<ext- - - - - -- - - - - -- - - - - -- - - - - -- - - - - -- - - - - -l我nkext- - - - - -l我nk-type="uri" xlink:href="http://www.web-of-life.es/"> http://www.web-of-life.es<gydF4y2Ba/ext-link>。默认安装这些矩阵的一个子集<我t一个l我c> BipartGraph<gydF4y2Ba/italic>,包括本文中使用的所有网络。软件可用性数据如下:软件名称:BipartGraph;编程语言:R;操作系统:Windows、Linux和MacOS;可用性:西南<ext- - - - - -- - - - - -- - - - - -- - - - - - - -l我nkext- - - - - -l我nk-type="uri" xlink:href="https://github.com/jgalgarra/bipartgraph"> https://github.com/jgalgarra/bipartgraph<gydF4y2Ba/ext-link>;用户界面:web浏览器;许可:MIT许可下免费的。<gydF4y2Ba/p> </sec> <sec> <title>的利益冲突<gydF4y2Ba/title> <p>作者宣称没有利益冲突有关的出版。<gydF4y2Ba/p> </sec> <ack> <title>确认<gydF4y2Ba/title> <p>这项工作是支持的西班牙经济和竞争力(mtm2015 - 63914 - p)。作者表达自己的感激之情对胡安•曼努埃尔•Garcia-Santi协助构建交互式原型作为他的大麻的论文的一部分<xregydF4y2Baf ref-type="bibr" rid="B52"> 52<gydF4y2Ba/xref>]。他们也感谢所有的同事和朋友测试应用程序和提高可用性的意见和建议。<gydF4y2Ba/p> </ack> <sec sec-type="supplementary-material" id="supplementary-material-1"> <title>补充材料<gydF4y2Ba/title> <supplementary-material id="supp-1" xlink:href="//www.newsama.com/downloads/journals/complexity/2018/6204947.f1.mp4" mimetype="NAN"> <label>补充材料<gydF4y2Ba/label> <p>作者提供了一个视频格式的图形抽象解释方法的要点。他们认为这个视频显示人员的优点是非常有用的<我t一个l我c> BipartGraph<gydF4y2Ba/italic>软件。<gydF4y2Ba/p> </supplementary-material> </sec> <ref-list> <ref id="B1" content-type="article"> <label>1<gydF4y2Ba/label> <element-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname> 宋<gydF4y2Ba/surname> <given-names> H。<gydF4y2Ba/given-names> </name> <name> <surname> Tombor<gydF4y2Ba/surname> <given-names> B。<gydF4y2Ba/given-names> </name> <name> <surname> 艾伯特<gydF4y2Ba/surname> <given-names> R。<gydF4y2Ba/given-names> </name> <name> <surname> Oltval<gydF4y2Ba/surname> <given-names> z N。<gydF4y2Ba/given-names> </name> <name> <surname> Barabasl<gydF4y2Ba/surname> <given-names> A.-L。<gydF4y2Ba/given-names> </name> </person-group> <article-title> 大型组织的代谢网络<gydF4y2Ba/article-title> <source> <italic> 自然<gydF4y2Ba/italic> <year> 2000年<gydF4y2Ba/year> <volume> 407年<gydF4y2Ba/volume> <issue> 6804年<gydF4y2Ba/issue> <fpage> 651年<gydF4y2Ba/fpage> <lpage> 654年<gydF4y2Ba/lpage> <pub-id pub-id-type="other"> 2 - 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