肺癌的发病率和死亡率居第一位,是全球主要的健康问题
PTPRH称为胃癌症相关的蛋白质酪氨酸磷酸酶1 (SAP-1),也是receptor-type蛋白酪氨酸磷酸酶定位具体的微绒毛在胃肠道上皮细胞刷状缘
在这项研究中,生物信息学方法预测LUAD PTPRH的表达,免疫组织化学和存在进行验证LUAD PTPRH的表达。与此同时,PTPRH表达与临床病理参数之间的关系进行评估,和单变量和多变量Cox分析被用来阐明潜在的LUAD PTPRH对预后的影响。我们的研究可能提供一种新型有效的预后的生物标志物LUAD。
的完整临床资料477例LUAD从TCGA-LUAD获得数据集(
PTPRH mRNA表达水平的数据集和DNA拷贝数在LUAD从多个研究(侯保护肺,肺,蓝迪肺癌、肺拉日本冈山肺,TCGA肺2,和维斯肺)分析了使用Oncomine数据库(
GEPIA(基因表达分析交互式分析)数据库(
根据临床特征如年龄、性别、肿瘤阶段,和N阶段,UALCAN (
Cox比例风险回归模型用于单变量和多变量分析的预后因素。ROC曲线绘制决定预后的特异性和敏感性得分基于PTPRH表达和临床病理特征。GSEA软件(
总共100双LUAD和邻近组织样本收集病人手术切除在杭州红十字医院从2018年6月到2019年10月。所有样品都立即在液态氮冷冻。根据组织病理学评价,切除样本确认为LUAD样本,和邻nontumor组织远离LUAD组织边缘5厘米。所有患者从未接受术前化疗或放疗。肿瘤分期执行根据恶性肿瘤的TNM分类由国际癌症控制联盟提供的。我们的研究是杭州市红十字会医院的伦理委员会批准并同意所有的病人。
根据制造商的协议,总RNA提取组织样本用试剂盒(表达载体,卡尔斯巴德,CA),然后转化为互补脱氧核糖核酸的PrimeScript rt - pcr试剂盒(豆类、日本)。定量分析进行ABI 7500实时PCR系统(美国应用生物系统公司)使用SYBR绿色主人混合(豆类、日本)。引物序列如下所示:PTPRH:底漆:GGCGGCACAACAGAGACTC,反向引物:CTGTGGCAGTAGTGACAGTCC;GAPDH:正向引物:GGAGCGAGATCCCTCCAAAAT,反向引物:GGCTGTTGTCATACTTCTCATGG。的相对表达PTPRH量化使用2- - - - - -
用福尔马林和嵌入在组织样本固定石蜡,然后切成5
SPSS 22.0(美国纽约阿蒙克的IBM公司)和GraphPad Prism 6.0(美国圣地亚哥GraphPad Inc . CA)是用于统计分析。卡方检验是用来评估PTPRH表达与临床病理参数之间的关系。
PTPRH mRNA表达水平和DNA复制数字LUAD从多个研究基于Oncomine数据库进行了分析,结果表明,mRNA的表达PTPRH LUAD组织中明显高于正常组织(数字
的转录和表达水平在LUAD PTPRH。侯肺(a)的mRNA表达水平,蓝迪肺(b)、肺(c)拉玛和日本冈山肺(d)(肺腺癌1为肺,2);PTPRH的拷贝数,TCGA肺2 (e)和维斯肺(f)(1血,2肺癌、肺腺癌和3);(g)的mRNA表达PTPRH在LUAD(红色)和正常(黑)组织GEPIA数据库;(h)的mRNA表达水平在临床LUAD PTPRH组织和配对相邻组织检测到存在;(我)的蛋白表达水平PTPRH LUAD组织和邻近组织评估包含IHC(放大200倍);
PTPRH转录在正常肺组织和LUAD组织不同的子组:(a)的相对表达PTPRH在健康个体和LUAD不同年龄患者;(b)的相对表达PTPRH LUAD患者在健康个体和男性或女性;(c)的相对表达PTPRH患者在健康个体和不同疾病阶段LUAD;(d)的相对表达PTPRH患者在健康个体和不同的N LUAD阶段;
确定LUAD PTPRH表达和临床因素之间的相关性,477 TCGA LUAD例获得的临床资料数据库,和两个有完整临床资料的情况下被排除在外。PTPRH基因表达和临床病理特征之间的关系,如年龄、性别、T台,剩下的N阶段475例进行了分析。我们发现有显著差异的分布之间的T阶段和病理阶段high-PTPRH组和low-PTPRH组(表
PTPRH表达和临床病理特征之间的联系LUAD TCGA从数据库。
| 低PTPRH | 高PTPRH |
|
|
|---|---|---|---|
| ( |
( |
||
| 年龄(年) | |||
|
|
103例(43.3%) | 107例(45.1%) | 0.75 |
|
|
135例(56.7%) | 130例(54.9%) | |
| 性别 | |||
| 女 | 135例(56.7%) | 119例(50.2%) | 0.183 |
| 男性 | 103例(43.3%) | 118例(49.8%) | |
| T | |||
| T1 | 94例(39.5%) | 68例(28.7%) | 0.0073 |
| T2 | 124例(52.1%) | 127例(53.6%) | |
| T3 | 14 (5.9%) | 30 (12.7%) | |
| T4 | 6 (2.5%) | 12 (5.1%) | |
| N | |||
| N0 | 168例(70.6%) | 145例(61.2%) | 0.194 |
| N1 | 39 (16.4%) | 51 (21.5%) | |
| N2 | 30 (12.6%) | 40 (16.9%) | |
| N3 | 1 (0.4%) | 1 (0.4%) | |
| 阶段 | |||
| 阶段我 | 143例(60.1%) | 113例(47.7%) | 0.0335 |
| 第二阶段 | 53 (22.3%) | 64例(27.0%) | |
| 第三阶段 | 35 (14.7%) | 45 (19.0%) | |
| 四期 | 7 (2.9%) | 15 (6.3%) |
调查是否PTPRH表达式可以预测LUAD的生存状态,477例获得TCGA数据库被分成高和低表达组基于PTPRH表达式分析了GEPIA, PTPRH表达式之间的关系和总生存期(OS)被kaplan meier存活曲线评估。这些研究结果表明,患者的存活率高PTPRH表达显著低于低患者PTPRH表达式(图
PTPRH LUAD可以作为一个独立的预后因素。(a)患者kaplan meier曲线显示操作系统高低PTPRH表达式。(b) PTPRH表达和临床病理特征的特异性和敏感性预测生存3年被绘制ROC曲线确定。
单变量Cox LUAD患者的预后因素的分析。
| Id | 人力资源 | HR.95L | HR.95H |
|
|---|---|---|---|---|
| 年龄 | 1.193047484 | 0.883649444 | 1.610777112 | 0.249159566 |
| 性别 | 1.098556611 | 0.814786594 | 1.481156707 | 0.537554253 |
| 阶段 | 1.600081853 | 1.38591159 | 1.847348673 | 1.44平台以及 |
| T | 1.500920084 | 1.248216603 | 1.804783796 | 1.58 e-05 |
| N | 1.639585151 | 1.379833877 | 1.94823414 | 1.93 e-08 |
| PTPRH | 1.124095112 | 1.048371343 | 1.205288403 | 0.001010737 |
多变量Cox LUAD患者的预后因素的分析。
| Id | 人力资源 | HR.95 L | HR.95H |
|
|---|---|---|---|---|
| 年龄 | 1.251866713 | 0.924657859 | 1.694865026 | 0.146162723 |
| 性别 | 1.004833487 | 0.738891714 | 1.366492977 | 0.975475925 |
| 阶段 | 1.388618987 | 1.115780912 | 1.72817322 | 0.003265939 |
| T | 1.186372412 | 0.972206147 | 1.447717137 | 0.092478399 |
| N | 1.165034604 | 0.915605604 | 1.482412975 | 0.213987103 |
| PTPRH | 1.103558766 | 1.027938508 | 1.184742026 | 0.00651251 |
为了进一步探索在LUAD PTPRH所涉及的信号通路,我们在PTPRH GSEA执行。显示的结果,改变LUAD PTPRH可能影响VEGF的表达(图
GSEA。GSEA表明PTPRH表达式主要影响(a) VEGF信号通路,(b)信号通路,(c) P53信号通路和(d) mTOR信号通路。
LUAD的发生与遗传因素有关,环境因素,和其他外部因素(包括吸烟),其中遗传因素可以作为更客观的生物标志物或指标诊断、治疗和预后LUAD [
在这项研究中,我们第一次发现PTPRH的信使rna表达水平在不同亚型LUAD使用Oncomine数据库的数据集,从中我们发现的mRNA表达PTPRH LUAD组织中显著高于正常组织。PTPRH的信使rna表达水平LUAD被GEPIA进一步评估数据库,发现PTPRH LUAD调节。基于亚组分析在年龄、性别、疾病阶段,和N阶段,PTPRH LUAD患者的转录水平明显高于健康的人。此外,蛋白质和mRNA的表达PTPRH临床组织检测采用免疫组织化学和存在,分别和PTPRH LUAD中高度表达,被发现在卵巢癌上皮与结果一致(
评估的效果PTPRH LUAD,我们分析了PTPRH表达和临床病理特征之间的关系,比如年龄,性别和TNM阶段。PTPRH表达式被发现显著相关的T台和疾病的阶段均匹配。先前的研究已经发现了一个10-gene PTPRH组成的风险模型和其他九个基因,表现良好在预测预后LUAD患者(
总之,我们的研究验证,PTPRH LUAD中高度表达,及其与T的表达显著相关阶段和疾病阶段。患者高PTPRH表达表现出显著的降低操作系统,和PTPRH LUAD预后的生物标志物。这些发现不仅提供有用的线索,小说在LUAD治疗靶点的确定也为探索奠定基础在LUAD PTPRH的潜在机制。
使用的数据来支持这项研究的结果提供了原始数据。数据和材料在当前的研究中可从相应的作者以合理的要求。
伦理批准不适用。
所有作者同意提交出版的手稿。
作者宣称没有利益冲突。
CA和LX为研究设计做出了贡献。DS进行文献搜索。SX获得数据。写这篇文章。DS进行数据分析和起草了手稿。LX修改这篇文章。所有作者给提交版本的最终批准。