CMMM 计算和数学方法在医学 1748 - 6718 1748 - 670 x Hindawi 10.1155 / 2020/2852051 2852051 研究文章 高通量对接和分子动力学模拟对识别潜在的抑制剂对人类凝血因子XIIa 徐 东方汽轮机厂 1 雪 Guangpu 2 彭 Bangya 3 冯 Zanjie 3 https://orcid.org/0000 - 0003 - 4797 - 1245 陆 有限责任 3 https://orcid.org/0000 - 0001 - 6114 - 4495 龚 Lihu 3 米切尔 约翰 1 遵义医科大学图书馆 中国 zmc.edu.cn 2 研究所的化学和生物化学 柏林自由大学 德国 fu-berlin.de 3 生物化学系 遵义医科大学 中国 zmc.edu.cn 2020年 22 5 2020年 2020年 12 01 2020年 22 03 2020年 07年 04 2020年 22 5 2020年 2020年 版权©2020东方徐et al。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

人类凝血因子XIIa (FXIIa)是一个trypsin-like丝氨酸蛋白酶参与病理性血栓形成。作为一个潜在的目标设计安全的抗凝血剂,FXIIa近年来收到了极大的兴趣。在目前的研究中,我们采用虚拟大规模筛选500064种化合物的烯胺数据库中获取最潜在的FXIIa抑制剂。随后,18个化合物与重要的结合能(从-65.195到-15.726千卡每摩尔)选中,及其ADMET性质预测选择代表性的抑制剂。三个化合物(Z1225120358 Z432246974和Z146790068)优秀的亲和力、druggability展出。MD模拟FXIIa-ligand复合物进行了揭示这三个化合物的稳定性和抑制机制。通过激活的抑制因子XIIa化验,我们测试了Z1225120358五个化合物的活性,Z432246974, Z45287215, Z30974175 Z146790068, pIC50值 9.3 ∗ 10 − 7 , 3所示。0 ∗ 10 − 5 , 7.8 ∗ 10 − 7 , 8.7 ∗ 10 − 7 , 1。3 ∗ 10 − 6 M,分别;Z45287215 AMDET属性和Z30974175显示不是很好,但有更好的抑制活性。我们还发现,化合物Z1225120358, Z45287215 Z30974175, Z146790068可能比Z432246974 FXIIa抑制。集体、化合物Z1225120358 Z45287215、Z30974175 Z146790068被预期是很有前途的药物抑制FXIIa候选人。

 中央专门人才基础,遵义医科大学 科学研究基金会博士学者、贵州科技部门 [2017]1224号 中国国家自然科学基金 31660245 1。介绍

人类凝血因子XIIa (FXIIa)是一个重要组成部分参与的内在途径的启动凝血级联( 1]。内在凝血级联是由接触激活反应涉及高分子量激肽原(HMWK)和prekallikrein (PPK) [ 2]。接触系统可以激活不同的带负电荷的聚合物,包括高岭土、核酸( 3),和胶原蛋白( 4]。联系与聚阴离子,FXII发生构象变化和转化为活性形式 α-FXIIa [ 5]。从本质上讲,激肽释放酶裂解的FXII Arg353-Val354肽键,生成 α-FXIIa,由氨基重链50 kDa的分子量和二硫化Cys340-Cys467 bridge-connected c端轻链的分子量28 kDa。氨基重链包括contact-binding域,而c端轻链组成催化中心。少量的一次 α-FXIIa生成,它可以进一步打通prekallikrein生成激肽释放酶。 α-FXIIa然后激肽释放酶形成一个协同作用的系统来扩大生产。 α夏-FXIIa激活因子XI因素,导致血浆凝固( 6]。后续的乳沟 α-FXIIa导致损失的重链和生成孤立蛋白酶域称为 β-FXIIa, 9个氨基酸组成的肽重链二硫化遗迹连着蛋白酶域( 5, 7- - - - - - 9]。

抑制FXII活动是一个有吸引力的血栓性疾病的治疗和预防方法( 10]。先前的研究表明,FXII-deficient老鼠从动脉血栓形成,保护缺血性中风,深静脉血栓形成,同时保持正常止血( 11, 12),这表明FXII至关参与病理性血栓形成,但对止血是可有可无的。超过五年了,大家都知道,凝血因子的缺乏十二不是增加自发或伤害造成的出血并发症( 13]。患者缺乏FXII不遭受异常出血甚至在重大手术( 14]。这个观察和有限FXII在止血的作用可能抑制FXIIa可以提供一种抗凝治疗出血风险较低( 15]。

近年来,抑制剂对FXIIa生成和各种临床前模型中描述体外或体内 16]。这些药物包括单克隆抗体( 13, 17),自然肽或蛋白质抑制剂( 18, 19),小分子抑制剂( 12, 20.],核糖核酸适体[ 21)、小干扰RNA ( 22],反义寡核苷酸( 23]。目前抗血栓形成的药物如肝素、华法林和抗血小板治疗会导致严重的出血并发症,因为他们的目标组件如凝血酶、凝血机制FVIIa, FIXa, FXa, FXIa [ 24]。因此,有必要设计新的FXIIa抑制剂和优化治疗药物,具有高抑制活性对FXIIa不增加出血风险和稳定存在于人血浆。

基于结构的药物设计依赖于生物分子的三维结构的知识目标。广泛应用于找到强有力的和特定抑制剂针对特定药物( 25- - - - - - 27]。这项研究报告的鉴定和验证小说FXIIa抑制剂使用大规模筛选(高温超导),对接和分子动力学(MD)基于仿真的方法。最后,MD模拟进行FXIIa, FXIIa-Z1225120358复杂,FXIIa-Z432246974复杂,FXIIa-Z146790068复杂更深的见解FXIIa的绑定机制选择的配体。

 2。材料和方法 2.1。材料

进行这项研究是惠普工作站与3.5 GHz处理器,8 GB RAM和1 TB的硬盘运行在Windows操作系统中,高速互联网连接(宽带),和不间断的和稳定的电力供应。生物信息学软件:发现工作室,GraphPad棱镜软件和网络资源,就像NCBI, RCSB,和烯胺数据库,被用于这项研究。

满length-activated FXIIa (a-FXIIa)获得酶研究实验室(英国斯旺西)。商业得到了化合物烯胺(基辅,乌克兰)。S2302(显色底物肽模拟)获得Chromogenix(英国埃)。

 2.2。数据库用于筛选

烯胺库,一个免费的商用数据库化合物,用于执行虚拟筛选。这种方法允许识别500064种化合物,其中包含激酶抑制剂图书馆。

 2.3。高通量筛选

对接的研究是基于可用的晶体结构的FXIIa (PDB代码:6 b77)。水分子和杂原子包括配体被移除。化合物的烯胺数据库被停靠到FXIIa蛋白质活性部位。高温超导当时使用Libdock方法执行,已纳入发现Studio 2018(发现Studio用户手册)。

对接之前,受体结构类型与CHARMM力场( 28),添加了氢原子,pH值7.4蛋白质被调整至近中性使用蛋白质制备模块。所有配体类型与CHARMM力场和最小化通过使用智能得到最小化算法的发现Studio 2018,其中包含1000步的最陡下降均方根梯度的宽容3和共轭梯度最小化。每一个配体的十个高分的构象被保存的计算。对所有化合物,对接结构分数最高的分析来识别分子。最后,18个一流的化合物的复合物与6 b77受到自由能计算。

 2.4。结合自由能计算

估计受体和配体之间的结合能,我们计算的平均结合能跨一组相关的姿势( 29日]。结合能计算使用以下方程: Energ y 绑定 = Energ y 复杂的 − Energ y 配位体 − Energ y 受体 。结合自由能计算使用发现Studio 2018程序进行。

 2.5。ADMET预测

结合亲和力根据结合能,前18支安打选择显示显著更高的亲和力FXIIa的绑定的口袋里。所有这些化合物进一步受到ADMET预测药物类分子。作为一个成功的小分子药物,它不仅应该主动对一个目标还拥有适当的ADMET性质。ADMET性质扮演重要角色在小分子药物的发现和开发 30.]。我们已经进一步执行ADMET描述符和毒性预测方法在发现Studio 2018。这些ADMET模块包括水溶解度,BBB渗透、细胞色素P450 (CYP450) 2 d6抑制,肝毒性,人类肠道吸收(HIA)和血浆蛋白结合。建立这些模块的数据来源于大量的文献报告和实验数据,这些模型被广泛验证(发现Studio用户手册)。

 2.6。分子动力学模拟

MD模拟进行FXIIa, FXIIa-Z1225120358复杂,FXIIa-Z432246974复杂,FXIIa-Z146790068复杂。所有的模拟进行了发现Studio 2018。CHARMM力场是应用于蛋白质和小分子。protein-ligand系统是模拟溶剂化,加入足够的水分子使蛋白质与溶剂自然交互。蛋白质应该在水溶剂化箱,它允许仿真运行使用周期性边界条件来避免工件表面( 31日]。

最初,最陡下降最小化的系统进行了1000步,2000步的共轭梯度最小化。能量最小化一步是紧随其后的是加热,平衡,和生产。整个系统从初始温度被加热50 K到300 K的4 ps不克制。在300 K平衡运行了20 ps没有限制。在300 K的生产运行一段时间输入不扩散核武器条约》的200 ps。总加热模拟时间,平衡,和生产步骤224 ps。静电参数被设置为自动,自动识别周期性环境和设置静电计算粒子网格埃瓦尔德(中外)。RMSD和RMSF计算整个蛋白质分子使用的起始结构作为参考。氢键FXIIa蛋白质和化合物之间的监控和分析的仿真( 32]。

 2.7。FXIIa酶测定

a-FXIIa的酶活性测定通过监测机构的数量发色团释放基质H-D-Pro-Phe-Arg-pNA (s - 2302)。在100年一个化验进行 μL体积在96年33°C -孔板在PerkinElmer (Seer绿色、英国)设想板读者,和机构释放后的6小时通过阅读405海里的吸光度。吸光度值被转换为机构相比浓度标准曲线完全相同的仪器条件下获得的。所有吸光度值是线性测量范围内的仪器。初始利率计算的基础上孵化的前30分钟。测定抑制剂,五个化合物的浓度(Z1225120358, Z45287215, Z30974175、Z432246974 Z146790068) 10之间8米和103200被孵化 μ米底物肽的反应是由10 nM a-FXIIa、酶活性测定如上所述,IC 50值是由非线性回归分析(GraphPad棱镜,版本8.0.2.263)使用日志(抑制剂)和响应与底部约束可变斜率算法。

 3所示。结果和讨论

高温超导其次是对接和MD模拟被用来找到潜在的人类FXIIa抑制剂。总共有500064种化合物筛选FXIIa的结构,和顶级18分子亲和力FXIIa ( Δ G ≤ − 10 千卡每摩尔)(表被选中作进一步分析 1)。小说打都准确地安装在FXIIa的活性部位,进一步评估druggability参数。

化合物选为潜在FXIIa抑制剂通过高温超导滤波器和结合自由能计算。

不。 复合id 兆瓦 结合能(千卡每摩尔) AlogP H-bond捐赠 H-bond受体 化学结构
1 Z45287215 310.372 -65.1947 3.4685 1 1
2 Z30974175 424.303 -50.0193 3.6279 2 3
3 Z1225120358 317.296 -39.8838 2.6222 1 4
4 Z53058673 330.387 -39.6591 3.0745 1 2
5 Z53059201 341.414 -38.4803 2.9696 1 2
6 Z432246974 387.45 -36.396 2.8377 2 4
7 Z56867305 300.314 -34.1774 3.2588 1 2
8 Z223449194 313.33 -30.3052 3.3693 1 2
9 Z818810338 430.464 -26.6265 3.736 1 4
10 Z146790068 353.397 -25.4344 2.6916 0 3
11 Z53059185 341.414 -23.701 3.1847 1 2
12 Z19630209 393.399 -22.6212 1.5979 1 4
13 Z603981096 348.406 -20.2983 3.8445 2 3
14 Z53058577 344.414 -19.9549 3.3227 1 2
15 Z132701382 344.414 -17.8038 3.5587 1 2
16 Z603981096 348.406 -17.7091 3.8445 2 3
17 Z914249910 322.412 -17.1128 2.6614 1 3
18 Z1392999050 360.361 -15.7256 3.2774 1 4
3.1。高通量筛选和结合自由能计算

几乎500064种化合物的烯胺数据库筛选到FXIIa的结构。18个化合物的结构成功对接结合能范围从-65.195千卡/摩尔-15.726千卡/摩尔( 33]。复合Z45287215显示最高的亲和力-65.195千卡每摩尔。这个检查表中列出的结果 1属性包含氢键捐助者,氢键受体,结合能,AlogP,分子量(MW)。

 3.2。ADMET的分析预测

ADMET性质已成为评估药效的最关键问题之一或小分子化合物在生物学的风险 34]。AMDET属性的小分子化合物可以通过整体分析预测他们的物理化学性质,如分子量(MW),极地表面积(PSA)、亲油性(clogP)和水溶解度(日志),直接与属性相关药物分子的吸收和生物利用度 35]。我们发现Studio ADMET工具应用于预测化合物的药代动力学资料(表 2)。

抑制剂的ADMET预测结果。

不。 复合id 溶解度 吸收水平 CYP2D6酶抑制剂 BBB BBB级别 磅的 磅的 PSA ogP98 艾姆斯诱变 致癌性
1 Z45287215 -5.288 0 真正的 0.363 1 -3.123 假 45.166 3.984 Nonmutagen 非
2 Z30974175 -5.754 0 假 -0.899 3 -3.97672 假 97.957 2.604 诱变剂 是的
3 Z1225120358 -3.705 0 假 -0.503 2 0.170651 真正的 73.237 2.619 Nonmutagen 非
4 Z53058673 -5.208 0 假 0.113 1 -8.74339 假 57.72 3.817 Nonmutagen 是的
5 Z53059201 -4.92 0 假 0.03 1 -11.4012 假 56.427 3.485 Nonmutagen 非
6 Z432246974 -3.282 0 假 -1.139 3 4.41143 真正的 98.176 1.84 Nonmutagen 非
7 Z56867305 -4.232 0 假 -0.442 2 3.37623 真正的 81.864 3.258 诱变剂 是的
8 Z223449194 -5.198 0 假 -0.329 2 5.26529 真正的 84.195 3.744 诱变剂 非
9 Z818810338 -4.591 0 假 -0.634 3 -0.75978 真正的 94.066 3.264 Nonmutagen 是的
10 Z146790068 -3.545 0 假 -0.206 2 1.81081 真正的 55.87 2.691 Nonmutagen 非
11 Z53059185 -5.107 0 假 0.097 1 -9.41512 假 56.427 3所示。7 Nonmutagen 非
12 Z19630209 -2.668 0 假 N /一个 4 -5.10215 假 117.504 1.497 Nonmutagen 是的
13 Z603981096 -4.033 0 假 -0.243 2 -4.36726 假 70.888 3.34 Nonmutagen 是的
14 Z53058577 -5.313 0 假 0.189 1 -8.47245 假 57.72 4.066 Nonmutagen 是的
15 Z132701382 -5.703 0 假 0.262 1 -8.8002 假 57.72 4.302 Nonmutagen 是的
16 Z603981096 -4.033 0 假 -0.243 2 -4.36726 假 70.888 3.34 Nonmutagen 是的
17 Z914249910 -3.283 0 假 -0.587 3 -2.42367 假 79.333 2.661 Nonmutagen 非
18 Z1392999050 -4.152 0 假 -0.263 2 4.96262 真正的 70.906 3.277 Nonmutagen 是的

一个复合的血脑屏障穿透能力是一个药物分子的另一个同样重要的参数( 36]。我们发现,几乎所有在烯胺化合物库高渗透的除了化合物Z30974175 Z432246974 Z818810338, Z914249910。人类肠道吸收是由四个预测水平:“0”(好),“1”(中度),“2”(可怜),和“3”(很差)。所有化合物的吸收水平都是“0”,展示一个令人满意的水平的吸收。分类化合物是否高度绑定(≥90%)绑定到血浆蛋白使用截止贝叶斯得分为-2.209分,结果表明,化合物Z1225120358 Z432246974, Z56867305, Z818810338 Z146790068, Z1392999050显示强大的亲和力。几乎所有的化合物都是无法抑制CYP450酶活性化合物Z45287215除外。

本研究的所有化合物都noncarcinogenic和摘要除了Z30974175, Z53058673, Z56867305, Z223449194, Z818810338, Z19630209, Z603981096, Z53058577, Z132701382 Z603981096, Z1392999050。ADME计算值和其他FXIIa结合配体的结构属性包括致癌性诱变表中列出 2。

 3.3。结构分析

FXIIa特异性口袋段Ile213-Cys220接壤,Asp189-Ser195, Pro225-Thr229,二硫键Cys191-Cys220几乎是相同的其他活跃trypsin-like丝氨酸蛋白酶。根据ADMET性质的化合物,我们发现化合物Z1225120358 Z432246974,朝着FXIIa Z146790068亲和力最高。AMDET Z45287215的属性显示不是很好,但亲和力最高-65.195千卡每摩尔。

结构分析表明,Z1225120358 FXIIa的结合活性部位腔。估计亲和力明显高(-39.884千卡/ M)(图 1(一))。三个氢键相互作用观察(His143、Gly147 Gly219) Z1225120358 FXIIa,以及许多Asp189提供的范德华相互作用,Ala190, Gln192, Ile213, Gly216, Ser217, Gly226 Val227, Tyr228(数字 1 (b)和 1 (c))。FXIIa-Z1225120358是稳定的复杂形成共价相互作用Z1225120358 FXIIa残留。

绑定模式Z1225120358 FXIIa。(一)总体结构FXIIa-Z1225120358复杂。蛋白质结构是卡通和配体所示。显示在配体结合位点残留表面。显示H-bond捐赠(紫色)和接受者(绿色)。(b)之间的交互Z1225120358(棒)和FXIIa残留物(棒)。(c)复合Z1225120358 FXIIa相互作用的二维图。

在另一个复杂,Z432246974 FXIIa的结合活性部位腔。估计的亲和力也明显高(-36.396千卡/ M)(图 2(一个))。有三个氢键相互作用观察(Gln192, Ser214, Gly219) Z432246974 FXIIa和许多Tyr99提供的范德华相互作用,Ala190, Glu146, Ile213, Gly147, Asp189, Cys220, Ser217, Gly226 Val227, Tyr228(数字 1 (b)和 1 (c))。FXIIa-Z1225120358是稳定的复杂形成几个共价相互作用FXIIa残留。

绑定模式Z432246974 FXIIa。(一)总体结构FXIIa-Z432246974复杂的显示在卡通模型和配体蛋白棒。显示在配体结合位点残留表面。显示H-bond捐赠(紫色)和接受者(绿色)。(b)的相互作用Z432246974(棒)FXIIa残留物(棒)。(c)复合Z432246974 FXIIa相互作用的二维图。

同样,Z146790068还结合活性部位腔FXIIa亲和力为-25.434千卡/ M(图 3(一个))。有五个氢键相互作用观察的Z146790068 FXIIa残留物(His143, Gly147, Gln192、Asp194 Ser195)和许多Phe145提供的范德华相互作用,Glu146, Ala190, Cys191, Ile213, Ser214, Trp215 Gly216, Gly219(数字 3 (b)和 3 (c))。的复杂FXIIa-Z146790068形成稳定的几个FXIIa残留提供的共价相互作用。

绑定模式Z432246974 FXIIa。(一)总体结构FXIIa-Z146790068复杂的显示在卡通模型和配体蛋白棒。显示在配体结合位点残留表面。显示H-bond捐赠(紫色)和接受者(绿色)。(b)的交互Z146790068(棒)FXIIa残留物(棒)。(c)复合Z146790068 FXIIa互动的二维图。

复合Z45287215显示最高的-65.195千卡/摩尔,亲和力三个氢键相互作用观察(Gly147、Ser217 Gly219) Z45287215 FXIIa,以及许多Asp189提供的范德华相互作用,Ala190, Gln192, Ile213, Gly216, Ser217, Gly226 Val227, Tyr228(数字 4 (b)和 4 (c))。FXIIa-Z45287215是稳定的复杂形成共价相互作用Z45287215 FXIIa残留。

绑定模式Z45287215 FXIIa。(一)总体结构FXIIa-Z45287215复杂的显示在卡通模型和配体蛋白棒。显示在配体结合位点残留表面。显示H-bond捐赠(紫色)和接受者(绿色)。(b)的交互Z45287215(棒)FXIIa残留物(棒)。(c)复合Z45287215 FXIIa互动的二维图。

 3.4。分子动力学模拟

进一步分析protein-ligand交互,我们选择了前三 ADMET化合物的分子动力学模拟。MD模拟进行FXIIa, FXIIa-Z1225120358复杂,FXIIa-Z432246974复杂,FXIIa-Z146790068复杂200 ps。每个系统的恒定的温度波动在300 K建议一个稳定和准确的MD模拟的性质。的平均势能FXIIa, FXIIa-Z1225120358复杂,FXIIa-Z432246974复杂,FXIIa-Z146790068复杂的分析。平均势能FXIIa, FXIIa-Z1225120358复杂,FXIIa-Z432246974复杂,和FXIIa-Z146790068复杂被发现-75682焦每摩尔,-76531焦每摩尔-76632焦每摩尔,分别和-76594焦每摩尔。

RMSD值是用来测量的结构性变化在MD模拟( 37]。见图 5(一个),每个simulation-maintained波动的RMSD值都小于1.1。平均均方根偏差(RMSD)值是1.064,0.963,1.076,和1.025 FXIIa FXIIa-Z1225120358复杂,FXIIa-Z432246974复杂,分别和FXIIa-Z146790068复杂。Z1225120358的绑定和Z146790068 FXIIa导致RMSD值下降,而绑定Z432246974 RMSD FXIIa导致增加的价值。结果表明,Z1225120358和Z146790068化合物紧密结合的活性口袋FXIIa,而受复合Z432246974导致更高的FXIIa结构性偏差。FXIIa残留物是在此基础上,波动下降,FXIIa可能抑制活性的化合物Z1225120358和Z146790068。

RMSD值(a)和RMSF FXIIa值(b)及其复合物与抑制剂作为时间的函数获得了MD模拟。

RMSF价值被认为是标准的整体灵活性在MD模拟 38, 39]。此外,我们还研究了运动的关键残基FXIIa与抑制剂( 35]。如图 5 (b),RMSF值FXIIa-Z1225120358复杂和FXIIa-Z146790068复杂不到FXIIa,虽然RMSF FXIIa-Z432246974复杂的价值更大。

第十二抑制激活因子(a-FXIIa)五个化合物Z1225120358 Z432246974, Z45287215, Z30974175 Z146790068, pIC50值 9.3 ∗ 10 − 7 , 3所示。0 ∗ 10 − 5 , 7.8 ∗ 10 − 7 , 8.7 ∗ 10 − 7 , 1。3 ∗ 10 − 6 分别为M(图 6、表 3)。结果表明化合物Z1225120358、Z45287215 Z30974175, Z146790068可能比Z432246974 FXIIa抑制。Z45287215 AMDET属性和Z30974175显示不是很好,但有更好的抑制活性。生物活性实验的结果与结构分析相结合。三个氢键相互作用观察(His143、Gly147 Gly219) Z1225120358 FXIIa,和三个氢键相互作用观察(Gly147、Ser217 Gly219) Z45287215 FXIIa。His143、Ser217 Gly147, Gly219 FXIIa特异性口袋里发挥重要作用在抑制FXII活动。

第十二抑制激活因子(a-FXIIa)五个化合物Z1225120358 Z45287215, Z30974175 Z432246974, Z146790068。这五个化合物的浓度(108米到103米)与200年孵化 μ米底物肽,其次是增加a-FXIIa;酶活性被监控中描述的材料和方法。pIC50值是通过非线性回归(GraphPad棱镜V8.0.2.263;日志(抑制剂)和反应变量坡与底部约束算法)。误差线表示标准错误( n = 3 独立的观察)。

第十二抑制激活因子(a-FXIIa)五个化合物。

化合物 Z1225120358 Z432246974 Z45287215 Z30974175 Z146790068
pIC50值(米) 9.3 ∗ 10 − 7 3所示。0 ∗ 10 − 5 7.8 ∗ 10 − 7 8.7 ∗ 10 − 7 1。3 ∗ 10 − 6
4所示。结论

FXII是一个新兴的承诺目标严重疾病。它在血栓形成中扮演重要角色,止血,额外的病理设置( 40]。我们已经确定了三个潜在的抑制剂FXIIa使用高温超导和MD模拟。所有这三个化合物结合的共同残留活性部位FXIIa腔。高通量虚拟筛选是由一个对接方法。前十八候选人抑制剂被AMDET预测进一步选择。后MD模拟FXIIa-ligand复合物有效地显示所有的候选化合物结合FXIIa活性部位。MD模拟结果表明,结合复合Z432246974 FXIIa导致更高的结构性偏差,表明复合Z432246974不稳定。我们还发现,复合Z1225120358 Z146790068可能比Z432246974 FXIIa抑制。第十二抑制激活因子分析和MD模拟,同样的结果,确认MD模拟的分析理论是正确的。第十二抑制激活因子(a-FXIIa)五个化合物Z1225120358 Z432246974, Z45287215, Z30974175 Z146790068, pIC50值 9.3 ∗ 10 − 7 , 3所示。0 ∗ 10 − 5 , 7.8 ∗ 10 − 7 , 8.7 ∗ 10 − 7 , 1。3 ∗ 10 − 6 M,分别。Z45287215 AMDET属性和Z30974175显示不是很好,但比Z1225120358更好的活动。生物活性实验的结果与结构分析相结合,His143, Ser217, Gly147, Gly219 FXIIa特异性的口袋里,在抑制FXII活动中发挥着重要的作用。总之,化合物Z1225120358、Z45287215 Z30974175, Z146790068被预期是有前途的药物抑制FXIIa候选人。需要进一步实验验证来确认这些配体的抑制潜在反对FXIIa。

 缩写 FXIIa:

人类凝血因子XIIa

 MD:

分子动力学

 高温超导:

高通量筛选

 ADMET:

吸收、分布、代谢、排泄、毒性

 表示:

均方根偏差

 RMSF:

均方根波动。

 数据可用性

底层数据在这个手稿来自遵义医科大学的研究,在这项研究中引用。

 的利益冲突

作者宣称没有利益冲突。

 确认

这项工作得到了国家自然科学基金资助下的中国(31660245)、博士的科学研究基金会学者、贵州科技主管部门授予([2017]1224号),和中央专业人才基础,遵义医科大学。

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