心血管疾病是一种严重的疾病和资本全球发病率和死亡率的原因。心绞痛和心肌梗死通常是由于存在flow-limiting心外膜冠状动脉狭窄(
临床上,心脏肌钙蛋白和肌酸激酶已被确认为最主流的诊断心肌梗死(
今天,人们越来越认识到基因表达谱的兴趣主要是通过微阵列分析MI的识别。Colpaert Calore发现mir - 133和mir - 499是经常与MI (
我们研究了MI的微阵列数据的分析与心绞痛患者的目标差异表达基因和microrna标志物的临床和预后因素。
在目前的研究中,我们从公开的基因表达综合筛选数据集(GEO)数据库(
获得潜在的生物功能和信号通路的度,数据库的注释,可视化、发现和集成(DAVID [
搜索工具相互作用的基因(字符串)数据库的检索(
差异表达的区别microrna的MI患者心绞痛样品相比GSE53211使用在线工具GEO2R了放映。阈值被设置为
在此,miRWalk 3.0 [miRNA-target预测工具
进行了统计分析和处理使用SPSS统计软件17.0版。关键基因表达之间的关系和临床和预后因素包括心力衰竭,BMI(身体质量指数)值,CRP (c反应蛋白)值,EF(射血分数)价值评估与二元逻辑回归到屏幕的独立预测指标。不都是设置为分类数据。统计学意义被确认
大于平均关键基因的表达水平是决定超表达,而低于平均表达水平被认为是低表达。BMI和c反应蛋白(毫克/升)被认为是一个高价值的实验室水平是否大于28 (
进行了生物信息学分析流程图如图
生物信息学分析流程图。
十大了,表达下调GSE29111度。
| 基因符号 |
|
LogFC | 基因功能 | PubMed id |
|---|---|---|---|---|
| 调节 | ||||
| TSTA3 | 1.29 |
1.0854319 | GDP-4-dehydro-D-rhamnose还原酶活性 | 11698403 |
| SLC22A11 | 2.64 |
1.7937471 | 有机离子跨膜转运体活动 | 15102942 |
| ALDH5A1 | 3.94 |
1.1577679 | 蛋白质homodimerization活动 | 16199352 |
| PLA2G16 | 5.57 |
1.2325045 | 催化的释放脂肪酸从脂肪组织中磷脂 | 17374643 |
| DTNA | 7.35 |
2.0915867 | 烟碱乙酰胆碱受体的集群 | 11353857 |
| HIF3A | 7.63 |
1.4873978 | 适应性反应,缺氧 | 11573933 |
| 民意调查 | 1.25 |
1.3674519 | 聚合酶修复 | 10982892 |
| CTDSPL | 1.42 |
2.1596408 | 负调节转录RNA聚合酶II | 20379614 |
| ENDOV | 1.43 |
1.6507937 | 劈开inosine-containing rna | 23912683 |
| THSD4 | 1.49 |
2.1230904 | 促进FBN1矩阵组装 | 19734141 |
| 表达下调 | ||||
| KYAT1 | 8.00 |
-2.1991848 | CCBL活动与许多氨基酸和氨基转移酶的活动 | 19826765 |
| LOC101927044 | 1.48 |
-1.4311556 | 但一个个 | - - - - - - |
| ADAMTS9 | 1.58 |
-1.5421577 | Metallopeptidase活动 | 12514189 |
| ETS1 | 2.41 |
-1.1693245 | 转录因子结合 | 10698492 |
| PNMA3 | 2.82 |
-1.4922227 | 核酸绑定 | 16344560 |
| MARC2 | 4.20 |
-2.2687039 | 硝酸还原酶活性 | 20808825 |
| HSD17B12 | 4.54 |
-2.1426028 | 长脂肪酸伸长 | 20937905 |
| SCRT1 | 4.62 |
-1.489692 | 转录抑制因子 | 11274425 |
| PNMA6A | 6.01 |
-1.3616952 | 核糖体功能转移的信号 | 16407312 |
| APOC1 | 8.06 |
-1.16521 | 脂肪酸绑定 | 17339654 |
探索可能度的生物功能,去分析应用的大卫。一个
十大重要浓缩去GSE29111 KEGG度方面:(一)BP:生物过程;(b)答:蜂窝组件;(c) MF:分子功能;(d) KEGG:信号通路。纵轴代表或KEGG通路条款;横轴表示消极log10 (
结果显示,CC与细胞外组件包含细胞外空间,细胞外区域,细胞外基质明显富集。此外,英国石油公司项目与吞噬作用和细胞生长有关,例如,吞噬作用识别、吞噬吞没,负调节细胞生长,和多细胞生物的发展,显然是筛选出来。此外,主要的宪法在MF物品为绑定本体,如免疫球蛋白受体结合,核心启动子DNA sequence-specific绑定,绑定,类固醇和mRNA 3
理解的更高级的路径信息度,KEGG通路的分析是由使用大卫。功能分类这些779度表示显著富集10 KEGG通路(图
收购GSE29111的DEG-encoded蛋白质之间的通信和额外的蛋白质,由Cytoscape PPI网络研究和可视化。图
PPI网络的度和最高24中心基因:(a)的PPI网络度;24强(b)的PPI网络中心的基因。(每个节点的大小正比于日志(褶皱变化)| |值。绿色,差别表明对这些和红色表明upregulation。蓝色表示non-DEGs)。
此外,cytoHubba PPI网络分析和根据六个进球排在所有节点算法。最后,24得分越高的基因筛选出来。图
筛选差异表达microrna的心肌梗死和心绞痛相比,microrna测定数据集GSE53211使用GEO2R工具进行了分析。我们观察到的结果,总共3差异表达microrna和他们完全调节MI样本与心绞痛相比(表样本
差异表达GSE53211 microrna。
| microrna的 |
|
LogFC |
|---|---|---|
| hsa - mir - 337 - 5 - p | 0.000244 | 2.24308 |
| hsa - mir - 127 - 5 - p | 0.001786 | 2.3002 |
| hsa - mir - 539 | 0.048052 | 2.23645 |
进一步了解基因和差异表达microrna监管中心之间的关系,通过搜索这三个microrna在miRWalk 3.0数据库中,总共有3786个基因。此外,九名miRNA-target对随后与上述24中心基因重叠,重叠8中心基因被认为是关键基因(表
中心基因GSE29111受hsa - mir - 127 - 5 - p GSE53211。
| ID |
|
|
|
LogFC | 基因符号 | 基因的标题 | 基因功能 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 210727 _at | 0.0137 | 2.5508641 | -2.99651 | -1.0294165 | CALCA | Calcitonin-related多肽α | 能扩张血管,包括冠状动脉、脑和系统性 |
| 235287 _at | 0.00177 | 3.297353 | -1.26724 | -1.1501461 | CDK6 | 细胞周期蛋白依赖性激酶6 | 细胞周期和分化;延迟衰老 |
| 205386 _s_at | 0.01 | 2.6727568 | -2.73565 | -1.042301 | MDM2 | MDM2 protooncogene | 介导核DYRK2的泛素化和随后的蛋白酶体降解 |
| 1558708 _at | 0.00553 | -2.8958494 | -2.23542 | 1.6471658 | NRXN1 | Neurexin 1 | 突触信号传输 |
| 206359 _at | 0.0283 | -2.2568286 | -3.58693 | 1.1075956 | SOCS3 | 抑制细胞因子信号3 | 通过抑制细胞因子信号转导结合酪氨酸激酶受体 |
| 211527 _x_at | 0.0264 | -2.2854412 | -3.53199 | 1.1348245 | VEGFA | 血管内皮生长因子A | 诱导内皮细胞增殖,促进细胞迁移,抑制细胞凋亡,诱导血管透化作用 |
| 1565702 _at | 0.0295 | 2.2381206 | -3.62256 | -1.3151998 | SMAD4 | SMAD家庭成员4 | TGF-mediated信号 |
| 214952 _at | 0.0398 | 2.1090612 | -3.86171 | -1.1379034 | NCAM1 | 神经细胞粘附分子1 | 细胞粘附分子 |
miRNA-target交互监管网络的关键。(每个节点的大小是成正比的日志(褶皱变化)| |值。绿色,差别表明对这些和红色表明upregulation。圆形节点代表关键信使rna,六角节点代表microrna。)
确定风险因素之间的关键基因表达与临床及预后因素,4个数据集包括GSE24591 GSE59867, GSE34198, GSE11947进行逻辑回归分析。
如表所示
关键基因表达式的逻辑回归MI和临床和预后因素。
| 数据集 | 因素 | 基因 |
|
S.E. | 瓦尔德 | 团体。 | 或 | 95%可信区间EXP ( |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GSE11947 | EF值 | NCAM1 | -1.859 | 0.949 | 3.838 | 0.05 | 0.156 | 0.024 - -1.001 |
| GSE59867 | 心脏衰竭 | SOCS3 | 1.026 | 0.518 | 3.928 | 0.048 | 2.79 | 1.011 - -7.698 |
| NRXN1 | 1.026 | 0.518 | 3.928 | 0.048 | 2.79 | 1.011 - -7.698 | ||
| CDK6 | -1.299 | 0.528 | 6.055 | 0.014 | 0.273 | 0.097 - -0.768 | ||
| SMAD4 | -1.585 | 0.541 | 8.57 | 0.003 | 0.205 | 0.071 - -0.592 | ||
| GSE24591 | CRP在 | NCAM1 | 1.705 | 0.801 | 4.534 | 0.033 | 5.5 | 1.145 - -26.412 |
| SMAD4 | -1.705 | 0.801 | 4.534 | 0.033 | 0.182 | 0.038 - -0.873 | ||
| 身体质量指数 | NCAM1 | -1.705 | 0.801 | 4.534 | 0.033 | 0.182 | 0.038 - -0.873 | |
| GSE34198 | 身体质量指数 | CALCA | 1.542 | 0.707 | 4.759 | 0.029 | 4.675 | 1.17 - -18.686 |
Barnett提供最新的系统评价急性心肌梗死(
在目前的研究中,我们得到了两个数据集从GEO再利用微阵列数据和比较心肌梗死和心绞痛样本之间的基因表达谱。我们得出的结论是,8关键基因和1键与心绞痛相比,MI的microrna的表达不同样品。根据功能富集分析,我们发现激素活动的关键基因功能丰富,细胞表面,PI3K-Akt信号通路。最后,我们确定了关键基因表达与临床及预后的相关性因素,包括EF值,心脏衰竭,CRP值,通过逻辑回归分析和BMI值。
细胞周期蛋白,CDK6编码酶受是已知细胞周期进展的重要监管机构。指出upregulation CDK6和激活的PI3K / AKT途径缓解低氧诱导嗜铬细胞瘤细胞损伤(
被SOCS3编码的蛋白质是一个cytokine-inducible负调节细胞因子的信号。这种蛋白质能附着在JAK2 JAK2激酶的激酶和抑制能力。发现保护反对左心室心肌的损伤引起的心肌梗死受雇虽然刺激JAK2 / STAT3信号和共存SOCS3的低表达(
NCAM1编码细胞粘附蛋白位于细胞表面粘附在信息中起着主要作用,神经突产物,突触可塑性、学习和记忆。先前的研究表明,NCAM1水平相关显著降低冠状动脉疾病和高危险的冠状动脉疾病(
SMAD4编码一种蛋白质与哺乳动物细胞信号传导等。它是属于SMAD家族的蛋白质。SMAD4的蛋白质编码有明确的影响在减少血管生成和增加血管研究进展。发现SMAD通路是一个独立的监管途径施加在冠状动脉血管的开发过程,这导致生长在婴儿[MI后
MDM2编码nuclear-localized E3泛素连接酶。据报道,在心力衰竭大鼠心肌细胞凋亡率增加,通过抑制MDM2的表达是P53的抑制剂(
VEGFA血小板源生长因子的一部分/血管内皮生长因子(PDGF / VEGF)的家庭。PDGF / VEGF促使血管内皮细胞的迁移和增殖和对生理和病理血管生成是必要的。有必要证明VEGFA明显抑制人类巨噬细胞迁移在心肌梗死后心肌组织通过ERK / NF -的限制
CALCA编码降钙素,这是一种多肽激素。de Boer等人进行的前瞻性研究心力衰竭患者出现呼吸道症状。CALCA-guided治疗导致改善结果,包括进入重症监护室和死亡率在30天
被NRXN1编码的蛋白质作用于脊椎动物神经系统的细胞粘附分子和受体。NRXN1据说与神经系统疾病有关,如迟发性运动障碍和精神分裂症;然而,没有报道NRXN1冠心病领域的;此外,据报道,NRXN1与高尼古丁上瘾[
mir - 127 - 5 - p监管所有的八个关键基因在目前的研究。值得注意的是mir - 127 (
总之,我们做了一个详细的分析这些数据集,通过生物信息学和这些公认的潜在功能差异表达基因和microrna将由动物和细胞培养模型验证我们的未来的工作。CDK6,总的来说,CALCA MDM2、NRXN1 SOCS3, VEGFA, SMAD4, NCAM1, mir - 127 - 5 - p被认为是潜在的基因诊断生物标记,这可能有助于区分心肌梗死和心绞痛患者从遗传学的角度,提高准确的心肌梗死的诊断和治疗方法。
使用的数据来支持本研究的发现可以找到
作者宣称没有利益冲突。
他张的构思和监督研究和设计实验;渊源,Chunyang田、刘Xuejian进行实验和分析数据;和渊源张写的手稿,手稿修改。