1。介绍
ABCC6属于亚C磷酸腺苷磁带(ABC)跨膜转运蛋白。ABCC6基因由31个外显子编码1503个氨基酸的蛋白质,有17个跨膜域和两个守恒的胞内核苷酸结合域(nbd)。ABCC6是同源(身份在氨基酸水平45%)ABCC1,被赋予多重耐药性肿瘤细胞(
1 ];出于这个原因,ABCC6列为多药耐药性相关蛋白质,也叫MRP6。nbd包含两个高度保守的沃克图案ATP绑定和跨膜转运体功能的关键(
2 ]。ABCC6基因的突变导致这种elasticum (PXE)(人类177850年和264800年),多系统疾病的特点是进步的钙化和弹性纤维变性
3 ]。
ABCC6高度表达在人类肝脏和在较小程度上肾近端小管的,只有在非常低的水平,如果,在组织,如皮肤,眼睛,心血管系统影响这种elasticum (PXE) [
4 ,
5 ]。到目前为止,基因研究已经确定了165个突变,主要是错义和无意义突变,以及大型删除(审查[
6 ])。自MRP6主要是肝脏和肾脏中表达,但只有低水平中发现组织受到PXE的影响,有人建议PXE主要与次要代谢紊乱参与弹性纤维(
7 ]。尽管ABCC6突变和PXE之间高度相关,在PXE MRP6及其作用的活动在很大程度上仍未知。
最近,剪接变体导致5 bp删除ABCC6成绩单与小鼠的心脏瘠薄钙化有关(
8 ]。
在我们的研究中,我们报告的鉴定的新变种ABCC6从人类肝cDNA缺乏外显子19到24。这种拼接变异也证实在肝和肾细胞培养。
2。材料和方法
人类的肝脏和肾脏BD Marathon-Ready cDNA是从Clontech购买的。主要人类hepatocites (Cambrex)是维护在培养基(Cambrex)后生产的指令。人类胚胎肾细胞(σ)保持在高葡萄糖杜尔贝科修改鹰的介质(DMEM)含10%胎牛血清(v / v), 2毫米谷酰胺,100 U青霉素,和100年
μ
g / mL链霉素
37
°
C
在5%
C
O
2
。
2.1。克隆人类ABCC6互补dna编码
克隆
ABCC6 cDNA、正向引物
5
′
-CACCATGGCCGCGCCTGCTG -
3
′
和反向引物
5
′
-TCAGACCAGGC-CTGACTCCTG -
3
′
旨在克隆PCR钝端产品pcDNA 3.1 d / V5-His-TOPO表达载体(表达载体)。PCR进行使用人类肝cDNA和铂PCR SuperMix(表达载体)。进行PCR ptc - 100珀尔帖热循环(MJ研究),它由1周期
95年
°
C
2分钟,30个周期
94年
°
C
45秒,
62年
°
C
1分钟,
68年
°
C
5分钟和30秒
68年
°
C
10分钟。PCR产品从琼脂糖凝胶分离、纯化与MinElute凝胶萃取工具包(试剂盒)和结扎成pcDNA.3.1D / V5-His-TOPO表达载体。重组向量转化为全球大肠杆菌细胞。个人克隆培养过夜Luria Bertani与100年汤
μ
g / mL氨苄青霉素,质粒是孤立使用QIAprep旋转Miniprep工具包(试剂盒)。
2.2。rt - pcr分析
从使用GenElute哺乳动物培养细胞总RNA提取总RNA Miniprep工具包(σ)。逆转录之前,总RNA浓度测量与GeneQuant pro (Amersham国际,小都,英国)和RNA完整分析了紫外线照射下的可视化28 s - 18 s rrna乐队1.5%琼脂糖凝胶含有溴化乙锭。完整的RNA (1
μ
g)是使用GeneAmp反向转录的RNA PCR核心装备应用生物系统公司与特定ABCC6基因引物,亲逆转录酶,根据制造商的指示。逆转录酶转录反应没有进行消极的控制在随后的PCR反应。
扩大地区从外显子18到25外显子我们使用以下引物:
5
′
-GGCATGAATCTCTCCGGAG -
3
′
(外显子18正向引物)
5
′
-CTGGAGGGCAGCAGAGAC -
3
′
(反向引物的外显子25)。PCR进行人类肝脏和肾脏cDNA和互补脱氧核糖核酸的细胞培养。PCR是1的循环
95年
°
C
2分钟;30的周期
94年
°
C
45秒,
58
°
C
1分钟,
72年
°
C
2.5分钟,
72年
°
C
10分钟。一个整除的扩增子被溴化乙锭可视化分析1.5%的琼脂糖凝胶评估片段的大小,从凝胶纯化,直接测序。
2.3。测序
ABCC6基因重组向量序列的验证使用BigDye终结者v3.1循环测序工具包(应用生物系统公司)。3100的基因分析仪的样品进行了分析(应用生物系统公司)根据生产的建议。的互补序列ABCC6 ABCC6及其剪接变体
Δ
19
Δ
24已经沉积在IDs AM774324和AM711638基因库,分别。扩增的PCR产物序列通过exon18-exon25地区从细胞培养和人类肝脏和肾脏cDNA已经由MWG生物技术。
2.4。西方墨点法
免疫印迹分析MRP6表达,整个细胞溶解产物是孤立的。PMSF HEK293补充了蛋白酶抑制剂(0.1毫米,5
μ
g / mL抑肽酶,5
μ
g / mL亮抑酶肽,1
μ
g / mL抑肽素)在1200转离心5分钟。1毫升的颗粒是resuspended冰冷里帕缓冲区(PBS, Igepal ca - 630 1%,钠脱氧胆酸盐0 5%,SDS 0.1%)和孵化冰30分钟;通过声波降解法进一步破坏。声波降解法后,溶解产物是孵化冰上30分钟然后在000 xg离心10分钟
4
°
C
。蛋白质与见得的丙酮沉淀
−
20.
°
C
o / n, resuspended Laemmli缓冲区,通过sds - page分离(7%)。后来,electrotransfer Immobilon-P转移膜(微孔,贝德福德,质量。,证实了我们)可逆与朱红色红染色。20分钟后在孵化缓冲区(IB)(50毫米三,150毫米氯化钠,0,5% Tween-20),膜孵化了1小时多克隆人类抗体,提高对人类MRP6 amminoacids 1 - 70(圣克鲁斯生物技术有限公司),稀释1:400 IB。后三个洗液洗涤缓冲(WB)(50毫米三,150毫米氯化钠),膜被孵化的辣根过氧化物酶共轭山羊antirabbit抗体(σ免疫化学,圣路易斯,密苏里州,美国),稀释1:5000 IB。最后,这个污点洗了三次与世行和蛋白质可视化发射极耦合逻辑(Immun-Star合,Biorad,赫拉克勒斯,加利福尼亚州,美国)。
3所示。结果与讨论
ABCC6 PCR扩大了使用特定的引物和从人类肝cDNA克隆到pCDNA3.1向量。令人惊讶的是,一些克隆的序列显示两种不同的4512年和4137年的核苷酸序列对应于完整的长度(ABCC6)和短ABCC6变种,分别。比较短的外显子/内含子的边界ABCC6基因发现外显子19到24人失踪。
为了验证如果短形式,即ABCC6
Δ
19
Δ
24岁的低频剪接事件或一个ABCC6变体,我们放大和PCR测序产品外显子地区年龄在18岁至25岁之间的互补脱氧核糖核酸的人类肝脏、人工肾、主要人类hepatocites(你好),和人类胚胎肾细胞(HEK293)。肝脏和肾脏显示本质上完整的外显子区域(图年龄在18岁至25岁之间
1 通道1和2),而两个外显子缺失的变种被发现主要在嗨和HEK293(图
1 车道3和4)。然后,我们建议同种型缺乏外显子19到24可能不同的剪接变体的产物分布在各种组织和细胞系。
图1
(上)表达式模式ABCC6 exon18-exon25地区的商用人类肝脏和肾脏cDNA(通道1和2),基本人类RNA反向转录hepatocites(巷3),和人类胚胎肾(巷4)。(底部)rt - pcr
β
肌动蛋白引物作为控制。获得的PCR产品被EtBr-stained可视化琼脂糖凝胶电泳。
删除整个外显子19引起转变的阅读框插入一个停止信号的核苷酸2614 - 2616(图
2 )。过早终止密码子的结果,假定的小说蛋白质有不同的和更短的糖比本地MRP6蛋白质。第二轮嵌套PCR,异常剪接的ABCC6 mRNA之前已经观察到组织不表达可观数量的蛋白质(
5 ]。最近,它已被证明在ABCC6错义突变基因的老鼠创建一个过早终止密码子,除了PXE,导致营养不良的心脏钙化(
8 ]。这些发现表明,截短形式的ABCC6能影响细胞活动。
拼接ABCC6的事件
Δ
19
Δ
24。(一)ABCC6野生成绩单;(b)接头的外显子19 - 24;(c)的开放阅读框的外显子19用红色表示字符拼接;外显子22是强调过早终止密码子。
(一)
(b)
(c)
出于这个原因,识别不同的剪接变体ABCC6在肝脏和肾脏等组织,ABCC6通常表示,可能是一个重要的步骤在理解这个基因的复杂功能,澄清相关疾病的发病的机制。
检查如果短变体编码一个蛋白质表达,我们分析了HEK293通过免疫印迹分析使用一个MRP6 n端抗体方法(图中描述
3 )。近165 kDa的野生型蛋白预测(MRP6)和更强烈的大约100 kDa截短蛋白(MRP6对应
Δ
19
Δ
检测到24)。它们之间的额外的乐队可能对应于不同的截短蛋白糖基化的形式。免疫印迹分析与ABCC6的表达水平一致
Δ
19
Δ
显示在图24变体
1 这表明同种型盛行在这些细胞。
图3
免疫印迹分析在HEK293 MRP6。的膜对MRP6 n项特殊抗体显示清晰的乐队大约100 kDa,对应翻译从ABCC6蛋白质
Δ
19
Δ
24同种型(MRP6
Δ
19
Δ
24)。
不同的投机假设ABCC6的功能
Δ
19
Δ
24变种可能提出。
的发现ABCC6
Δ
19
Δ
24变种成为法律表达蛋白质ABCC6基因显示多种功能,证实了可变剪接是一种扩散机制增加蛋白质多样性ABC转运蛋白家族。
我们建议翻译ABCC6的蛋白质
Δ
19
Δ
24变种是一个运输的一半。事实上,翻译的核苷酸序列变异产生一个假定的截断871个氨基酸的蛋白质,包括前两个跨膜域和第一个NBD c端一端。众所周知,其他一些人类ABC转运蛋白基因编码一半可变剪接的结果,比如ABCA5基因编码一种蛋白质925 amminoacids [1642 amminoacids和多肽
9 ),和人类ABCB6产生两种截然不同的分子量形式,局部外线粒体膜和质膜(
10 ]。