ZNF191(243 - 368)的c端地区ZNF191包含四个半胱氨酸的假定的dna结合域2他的2锌指图案。在这项研究中,一个融合蛋白的表达载体的ZNF191(243 - 368)与glutathione-S-transferase(销售税)构造和转化
Kruppel-type (C2H2)锌指无处不在的主题介导sequence-specific识别DNA和广泛存在于真核生物。这种锌指蛋白还可以结合DNA, RNA,或其他蛋白质和承担重要的角色在不同的生物功能,包括细胞分化和胚胎发育(
一般来说,小说锌指蛋白的DNA结合蛋白序列与未知sequence-specific DNA识别可以由随机寡核苷酸选择或筛选从整个基因组的一个图书馆
ZNF191基因识别从cDNA图书馆来自人类的肝脏。这个基因位于人类染色体18 q12.1和一些遗传和肿瘤相关疾病(
本研究旨在阐明ZNF191的功能(243 - 368)在蛋白质水平。我们表达和纯化的融合蛋白glutathione-S-transferase(销售税)和ZNF191(243 - 368),利用特定亲和力的销售税琼脂糖4 b树脂选择特定绑定的DNA。结果表明,ZNF191的共识结合位点(243 - 368)有一个“AGGG”有牵连的核心和半胱氨酸的化学sequence-specific识别规则2他的2DNA应该谨慎使用。
cDNA片段编码产生的锌指地区ZNF191被PCR subcloned创建GST融合蛋白。下面的寡核苷酸引物(联合基因公司、上海、中国)被用于PCR克隆:P1 (5′-CGCGGATCCAGAAATCCCTCTCGAAAGAAACAA-3′);P2 (5′-TCCCCCGGGTTAAACTTCCACAACATTCAGAAG-3′)。PCR模板pTSA-ZF向量(
包含100 LB培养基(50 mL)
绑定的DNA ZNF191(243 - 368)获得了使用一个随机寡核苷酸池。一个60-base寡核苷酸单链DNA包含18个随机基地的核心区域两侧21-base地区定义序列作为模板合成了一系列5′-ATTCAGATCTTAAACACAGGA…N18…GTGATGCTCGGTACCCTAAAG-3′。以下引物被用于PCR: A1 (5′-CGCGGATCCATTCAGATCTTAAACA-3′)和A2 (5′-TTCCCCGGGCTTTAGGGTACCG-3′)。双链DNA片段的混合物是通过空斑形成单位聚合酶(生物学实验室)通过10周期的变性(94°C, 1分钟),退火(56°C, 1分钟),和扩展(72°C, 1分钟)。PCR产品最初处理苯酚/ CHCl3然后用乙醇沉淀。这些dna与GST-ZNF191孵化(243 - 368)融合蛋白绑定到谷胱甘肽琼脂糖4 b(如前所述)准备在4°C的30分钟绑定缓冲(0.2毫克/毫升保利(dI-dC)(σ),0.2毫克/毫升BSA(生物学实验室),25毫米玫瑰(pH值7.5),100毫米氯化钾,0.1毫米ZnSO410毫米MgCl2,0.1%诺乃清洁剂p 40, 1毫米德勤,5%甘油][
的紫外光谱GST-ZNF191(243 - 368)融合蛋白,销售税,ZNF191(243 - 368)被记录在一个惠普8453二极管阵列分光光度计(美国)。蛋白质溶液的浓度(pH值7.5)与10毫米Tris-HCl通过布拉德福德的检测方法,这是1
圆二色性光谱GST-ZNF191(243 - 368)融合蛋白,销售税,ZNF191(243 - 368)记录在190年和250 nm J720 Jasco分光偏振计。的光学路径长度是10毫米,蛋白质溶液的浓度(pH值7.5)与10毫米Tris-HCl是1
两个合成和纯化DNA DNA结合活性的工器被用来探测ZNF191利用荧光光谱(243 - 368)。DNA包含一个序列获得GGAGGGTGGTTA (DNA1),另一个包含12个bp主题GAAATAATGTTA (DNA2),根据先前的报道(
dna结合蛋白研究中执行一个缓冲区(pH值8.0)包含50 mM Tris-HCl氯化钠和10毫米。滴定过程进行了通过添加蛋白原液,GST-ZNF191(243 - 368),或销售税1毫升的缓冲区包含500 nmol·L−112个基点的寡核苷酸双工和1
荧光发射光谱得到在卡里Eclipse荧光光谱仪(瓦里安公司)在550 - 700海里的激发波长540 nm 1厘米×0.5厘米荧光试管在20°C。所有荧光测量的入口和出口缝保持在10纳米。
DNA序列的重组质粒pGEX-ZF, ZNF191的n端(243 - 368)基因与糖基的GST基因。因此,这种融合基因表达了40 kDa蛋白质包含四个C2H2类型串联锌指图案融合蛋白的糖基。细菌表达GST-ZNF191(243 - 368)被谷胱甘肽琼脂糖4 b和交联葡聚糖提纯G75列按照先前所描述的方法。利用sds - page分析纯化后的蛋白显示了预期大小的著名乐队融合蛋白(图
sds - page GST-ZNF191(243 - 368)融合蛋白。G75巷1:蛋白质纯化,巷2:蛋白质标记,和巷3:蛋白质亲和树脂纯化。
预测结构的四个C2H2锌指域和基因本地化表明ZNF191(243 - 368)是一种dna结合蛋白。确定dna结合蛋白的ZNF191(243 - 368),我们使用了随机寡核苷酸绑定选择策略如前所述。两个关联过程参与选拔程序,即GST-ZNF191的绑定(243 - 368)矩阵的蹩脚谷胱甘肽琼脂糖4 b和绑定的随机寡核苷酸锌指蛋白(图
DNA的示意图表示选择的GST-ZNF191 (243 - 368)。谷胱甘肽琼脂糖4 b受GST融合蛋白。与此同时,锌指蛋白DNA识别序列结合,从而固定在谷胱甘肽琼脂糖4 b DNA。
基于关联,我们获得的dna结合网站ZNF191(243 - 368)通过一系列的洗涤和放大过程。我们终于转移这些DNA序列到pGEX向量,然后这个质粒测序。DNA序列得到了强烈结合蛋白质(图
对齐寡核苷酸绑定到ZNF191评选出来的69年(243 - 368)。有51个序列(74%)包含AGGG主题或类似AGGA, AGGT AGGC主题和内容的GC其他人高。
选中的dna序列的网站GST-ZNF191(243 - 368)进行了比较。在69年克隆,38例(55%)有一个AGGG序列,和类似的序列AGGC AGGT, 7 AGGA在场,4,分别和2克隆。因此,51例(74%)产生的克隆被发现含有一种“gg”的核心。虽然“gg”核心是剩余序列外,几个序列相似的序列AGCG和ACGG。此外,GC含量高。这些结果表明,GST-ZF结合更强烈AGGG序列比另一个序列。
在比较这些序列含有AGGG和计算的概率基地AGGG之前和之后,我们认为绑定序列(G) (G) AGGG (G)(表
推导的ZNF191结合位点(243 - 368)的共识。
| 基地选择 | 百分比(%) | 结合位点 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| G | C | 一个 | T | G | C | 一个 | T | 5′3′ |
| 20. | 7 | 8 | 9 | 45 | 16 | 18 | 20. | G |
| 24 | 9 | 4 | 7 | 55 | 20. | 9 | 16 | G |
| 0 | 0 | 44 | 0 | 0 | 0 | One hundred. | 0 | 一个 |
| 44 | 0 | 0 | 0 | One hundred. | 0 | 0 | 0 | G |
| 44 | 0 | 0 | 0 | One hundred. | 0 | 0 | 0 | G |
| 44 | 0 | 0 | 0 | One hundred. | 0 | 0 | 0 | G |
| 23 | 4 | 11 | 6 | 52 | 9 | 25 | 14 | G |
| 14 | 11 | 9 | 10 | 32 | 25 | 20. | 23 | G / C / A / T |
绑定序列的基地在结合位点指定1到8列。比较这些序列包含AGGG有时出现两次在一个序列,基地选择的列中的数字表明每个基地的频率出现在1 - 8的位置。比例列中的每个数字显示的百分比包含在指定的位置,基地选择的寡核苷酸。
ZNF191广泛表达于人体器官和可能是相关的一些遗传疾病和癌症。因此,基因含有AGGGG核心的目标基因可能ZNF191 (243 - 368)。我们搜查了基因在真核生物启动子数据库包含GGAGGGG [
基因含有ZF-binding网站可能与ZNF191反应(243 - 368)。然而,我们不能排除另一种可能性,DNA序列没有这种蛋白质的生物结合位点。除了锌指蛋白领域影响dna结合特性,一些残留在锌指域也参与识别。此外,已知的化学规则基于锌指主题应该谨慎使用。进一步研究ZNF191锌指蛋白与DNA正在进行。
不同的紫外光谱GST-ZNF191(243 - 368)融合蛋白的紫外光谱和销售税是通过减去销售税的GST-ZNF191(243 - 368)(图
不同的紫外光谱GST-ZNF191(243 - 368)和销售税。实线是紫外光谱ZNF191(243 - 368),虚线是不同的紫外光谱GST-ZNF191(243 - 368)和销售税。
不同的CD谱GST-ZNF191(243 - 368)和销售税表明ZNF191(243 - 368)的融合蛋白也有两个负峰值约210和220海里和积极的在大约190海里的高峰
不同的CD谱GST-ZNF191(243 - 368)和销售税。实线是CD谱ZNF191(243 - 368),虚线是不同的CD谱GST-ZNF191(243 - 368)和销售税。
荧光光谱被广泛用于探测protein-DNA交互。绑定曲线可以生成蛋白质溶液滴定到DNA的解决方案,和离解常数(
EB和ZNF191(243 - 368)与DNA结合三分量的竞争系统Scatchard方程的基础上:
从(
图
的价值
|
|
|
|---|---|
| GST-ZNF191 (243 - 368) / DNA1 | 3所示。8 |
| GST-ZNF191 (243 - 368) / DNA2 | 5.4 |
| I323W |
3.2 |
| R327W |
3.6 |
荧光光谱的EB-DNA1滴定ZNF191 (243 - 368)。
锌指蛋白更强烈结合DNA1 DNA2。此外,绑定DNA2接近以前的研究的结果,两种突变体蛋白的ZNF191(243 - 368)从pTSA净化/ BL21 (DE3)系统(
然而,这个结果与报道的不同于et al。这种差异可以归因于几个因素的影响对锌指蛋白的识别DNA。例如,其他地区的临界残留(s) ZNF191可以诱导DNA弯曲,这促进了容易绑定的锌指蛋白
ZNF191(243 - 368)能选择性地结合序列与基因含有一个AGGG核心和反应。但是蛋白质的锌指域并不是唯一的因素影响dna结合特性;一些残留在锌指域也参与了认可。已知的化学规则基于序列的锌指基序应该谨慎使用。进一步研究ZNF191锌指蛋白与DNA正在进行。
作者宣称没有利益冲突有关的出版。
这项工作是由中国国家自然科学基金(没有。21301050)。