AV
病毒学的进步
1687 - 8647
1687 - 8639
Hindawi
10.1155 / 2020/6212643
6212643
研究文章
分子诊断肺炎使用多路实时PCR测定RespiFinder®智能22快在摩洛哥的婴儿
https://orcid.org/0000 - 0002 - 4870 - 191 x
Hattoufi
Kenza
1
2
Tligui
胡森
3
Obtel
Majdouline
4
El Ftouh
Sobha
3
Kharbach
艾莎
2
5
https://orcid.org/0000 - 0002 - 5724 - 2751
Barkat
阿米娜
1
2
布朗
杰伊·C。
1
国家参考中心新生儿学和营养
儿童医院
大学医院中心伊本新浪
拉巴特
摩洛哥
2
研究小组对母亲和儿童的健康和营养
医学院和药房
穆罕默德五世大学
拉巴特
摩洛哥
um5.ac.ma
3
医学研究实验室
儿童医院
大学医院中心伊本新浪
拉巴特
摩洛哥
hardinge.org
4
公共卫生部门
实验室的生物统计学
临床研究和流行病学
医学院和药房
穆罕默德五世大学
拉巴特
摩洛哥
um5.ac.ma
5
Gynaecology-Obstetrics和内分泌学部门
孕妇Souissi
大学医院中心伊本新浪
大学穆罕默德V
拉巴特
摩洛哥
um5.ac.ma
2020年
18
2
2020年
2020年
03
08年
2019年
25
01
2020年
18
2
2020年
2020年
版权©2020 Kenza Hattoufi et al。
这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。
背景 。在摩洛哥,小儿肺炎仍然是一个严重的公共卫生问题,因为它是由于传染病死亡的第一原因。急性呼吸道感染的病因诊断是困难的。因此,有必要使用多路实时聚合酶链反应试验测试的常规设置准确、快速识别。
目标 。在本文中,我们目前的小儿肺炎的临床结果和描述他们通过使用分子诊断病因。
研究设计 :气管分泌物收集从婴儿呈现呼吸窘迫孤立或与系统相关的迹象,参加的单位之间的新生儿学12月1日,2016年,2018年和麦31日。样本测试与多路复用RespiFinder®智能22快可能检测到18病毒和细菌。
结果 。的86名婴儿认为在这项研究中(平均年龄31±19天)疑似急性呼吸道感染,71人(83%)是积极的对一个或多个病毒或/和细菌。大多数急性呼吸道感染病毒的起源(95%):呼吸道合胞体病毒(a和B)(49%),鼻病毒(21%)、冠状病毒229 e (11%)、humain metapneumovirus(5%)、甲型流感(3%)、流感H1N1(1%)、腺病毒(2%),和副流感病毒病毒4型(2%)。在我们的病人中,6%
肺炎支原体 。合并感染并不伴有严重的呼吸道症状。
结论 。呼吸道感染的临床表现复杂,常非特异性。因此,早期和快速检测相关的病原体是至关重要的。使用多路实时聚合酶链反应可以帮助选择一个精确的治疗,减少不必要的抗生素的整体使用,保持肠道菌群,减少院内感染,减少住院的长度。
1。介绍
据世界卫生组织(世卫组织)、肺炎被定义为急性呼吸道感染(rti)影响肺组织(支气管、细支气管和肺泡组织)
1 ]。在摩洛哥,小儿肺炎仍然是一个严重的公共卫生问题,是由于传染病死亡的第一原因(
2 ]。肺炎是全世界儿童发病率和死亡率的主要原因。世卫组织估计,每年有140万儿童死于5岁以下,死亡是最大的风险在新生儿期(
3 ]。
肺炎的流行病学和病因学是不同的国家和地区。在发展中国家,5岁以下儿童患肺炎的发病率是0.29事件/孩子/年,相对于发达国家的0.05事件/孩子/年(
4 ,
5 ]。
肺炎是由多种微生物(病毒、细菌、真菌)。病毒是最常见的病原体为5岁以下儿童,特别是呼吸道合胞体病毒(RSV),鼻病毒(RV)、流感(IV),副流感病毒病毒(PIV)和腺病毒(副词)
6 ,
7 ]。至少26病毒现在已经与肺炎。他们分配不同的季节、地理区域和年龄组(4)。考虑到病毒感染的频率,抗菌治疗通常是使用不当和不必要的
8 ]。
肺炎的病因诊断是困难的,由于临床表现相似,也由于重叠症状的病毒和细菌之间,或不同病毒(
9 ]。出于这个原因,使用多路实时聚合酶链反应(PCR)在常规化验测试设置准确、快速识别似乎是必要的。他们同时检测多种病毒性和细菌性病原体在一个反应,具有较高敏感性和特异性在小时
10 ]。
本研究的目的是小儿肺炎的临床结果和描述他们的流行病学和病因学中婴儿住在摩洛哥和承认一个新生儿学单元。
2。材料和方法
2.1。设计和研究的人口
这个未来的研究从2016年12月1日,5月31日,2018年,在国家参考新生儿学和营养学和医学研究中心实验室在拉巴特的儿童医院。我们承认这项研究纳入86名婴儿呼吸窘迫孤立或与系统相关的迹象。
2.2。入选标准
婴儿,不管他们的孕龄或地理起源,其实际年龄还不到4个月,涉嫌肺炎住院。
入选标准是基于诊断的临床症状(呼吸道症状)。婴儿被招募了如果他们出现相关症状的临床肺炎的定义。他们被定义为历史的咳嗽,呼吸速率提高,或胸壁吸入
2 ,
11 ]。
2.3。排除标准
所有新生儿0岁至9天与瞬态和婴儿呼吸窘迫或呼吸窘迫的心脏,神经系统,或malformative起源,被排除在本研究之外。
2.4。数据收集
所有数据输入表包含的流行病学、临床、paraclinical数据,和病人的临床评估,以及病人的家庭成员信息。
研究数据如下:
(我)
流行病学资料:年龄、性别、和社会经济地位
(2)
病人的环境,家庭条件,和医疗历史
(3)
临床资料:症状和演化
(iv)
Paraclinical数据:生物分析(完整的血细胞计数、c反应蛋白(CRP)、rt - pcr),胸部x光检查(由儿科医生解释)
2.5。收集的样本
气管分泌物(TS)样本采集前12小时住院和从新生儿学部门转移到儿童医院医学研究实验室在拉巴特。
TS的集合是按照标准的程序执行,也就是说,通过使用一个气管愿望调查。这是介绍直到抗性是遇到收回,约2厘米。其次是真空的释放,和探针使用动作,小心地删除的分泌是吸进无菌收集器管。
2.6。实验室方法
样本分析根据制造商的指示使用RespiFinder®智能22快。这个分析可以同时检测和区分22呼吸道病原体:18病毒(流感病毒A和B,甲型H1N1流感病毒,呼吸道合胞病毒(RSV) A和B,副流感病毒病毒1、2、3和4,鼻病毒(RV) /肠病毒、冠状病毒(软木)(229 e, NL63 OC43, HKU1),人类metapneumovirus (hMPV)),腺病毒(副词),bocavirus (BoV)和4细菌(
嗜肺性军团菌 ,
百日咳博德特氏菌 ,
肺炎支原体 ,
Chlamydophila肺炎 )[
12 ]。
175年
μ 在40 l TS的样本筛选了
μ l(洗脱缓冲。化验由前置放大步骤,结合逆转录酶和多元目标扩增PCR,后跟一个探针杂交步骤中,探针结扎一步,探针扩增步骤。内部放大控制(IAC)添加一开始真阴性结果的过程来区分样本和样本错:负面结果由于PCR失败。检测到目标使用毛细管电泳(
13 ]。
2.7。统计分析
统计分析与计划执行分析的社会科学(SPSS.18)和使用软件RChi2皮尔森。一个
p
值< 0.05被认为是具有统计学意义。
2.8。道德的考虑
所有参与者的父母通知书面同意。协议的研究是生物医学研究的伦理委员会批准的医学院和药房在拉巴特摩洛哥。
3所示。结果
本研究的受试者共86名婴儿。他们出现呼吸道症状和猜疑的肺炎。其中,46(53%)是男性,40(47%)是女性,性别比例为1.15。的平均年龄是31±19天。54%的患者的社会经济地位,有45%的低社会经济地位,而只有其中一个是高社会经济地位。根据父母,4(5%)的家庭有宠物在家里,在家44例(51%)有潮湿,11(13%)与吸烟者生活(表
1 )。
表1
招募病人的一般特征(2016年12月1日,5月31日,2018;
N = 86)。
病人的变量
n (%)
阳性病例
n (%)
消极的情况下
n (%)
p
性别
米
46 (53)
44 (95.7)
2 (4.3)
0.001
F
40 (47)
27日(67.5)
13 (32.5)
年龄在住院
10 - 30天
60 (70)
50 (83)
10 (17)
0.4
> 30天- < 4个月
26日(30)
21 (80)
5 (20)
社会经济地位
低
39 (45)
29 (74.4)
10 (25.6)
0.1
中间
46 (54)
41 (98.1)
5 (10.9)
高
1 (1)
1 (100)
0
家族病史
哮喘
3 (3)
3 (100)
0
0.5
湿疹
2 (2)
2 (100)
0
0.6
健康的历史
早产
14 (16)
9 (64.3)
5 (35.7)
0.04
胃食管反流
1 (1)
1 (100)
0
0.8
重症监护/氧气治疗
9 (10)
4 (44.4)
5 (55.6)
0.007
支气管肺的发育不良
3 (3)
3 (100)
0
0.5
先天性心脏病
1 (1)
1 (100)
0
0.8
病人的环境
吸烟者在家里
11 (13)
11 (100)
0
0.1
宠物在家里
4 (5)
3 (75)
1 (25)
0.5
家里的条件
通风和阳光明媚的栖息地
42 (49)
36 (85.7)
6 (14.3)
0.3
湿度
44 (51)
35 (79.5)
9 (20.5)
所有患者纳入本研究意识和至少有一个和高频率的呼吸困难、呼吸系统症状代表95%的病例。咳嗽、鼻涕,发热是频繁的有67%,62%,和38%,分别为(表
2 )。84%的病人进行胸部x光片,62%是不正常的。91%的情况下,胸部x光检查结果显示异常确认感染(
p
<
0.004
使用rt - pcr技术(表)
3 )。平均住院时间是6±5天;的长度保持死者的婴儿没有包括,和10±4天。在此期间,3%的死亡和并发症的10%院内感染被检测到。
表2
住院病人的临床特点(2016年12月1日,5月31日,2018;
N = 86)。
n (%)
阳性病例
n (%)
消极的情况下
n (%)
p
功能的迹象
呼吸困难
82 (95)
67 (81.7)
15 (18.3)
0.4
咳嗽
58 (67)
47 (81)
11 (19)
0.4
鼻液溢
53 (62)
42 (79.2)
11 (10.8)
0.2
发烧
33 (38)
29 (87.9)
4 (12.1)
0.2
拒绝母乳喂养
26日(30)
22日(84.6)
4 (15.4)
0.5
呕吐
8 (9)
8 (100)
0 (0)
0.2
腹泻
2 (2)
2 (100)
0 (0)
0.6
痉挛
1 (1)
0 (0)
1 (100)
0.1
体征
正常的
61 (71)
52 (85.2)
9 (14.8)
0.2
低渗的
25 (29)
19 (76)
6 (24)
呼吸急促
56 (65)
45 (80.4)
11 (19.6)
0.3
心动过速
28 (33)
22日(78.6)
6 (21.4)
0.3
心动过缓
3 (3)
1 (33.3)
2 (66.7)
0.07
地图:正常
86 (100)
SaO2:
正常的
81 (94)
68 (84)
13 (16)
0.2
稀释
5 (6)
3 (60)
2 (40)
CRT:
< 3
85 (99)
71 (83)
14 (17)
0.1
> 3
0
0
1 (100)
苍白
6 (7)
5 (83.3)
1 (16.7)
0.7
黄萎病
16 (19)
13 (81.2)
3 (18.8)
0.5
黄疸
6 (7)
3 (50)
3 (50)
0.06
呼吸困难
肋间的经济衰退
38 (60)
30 (78.9)
8 (21.1)
0.4
锁骨上的衰退
34 (54)
30 (88.2)
4 (11.8)
0.1
胸骨上的衰退
25 (40)
21 (84)
4 (16)
0.4
鼻阔口
20 (32)
20 (100)
0
0.006
罗音
喘息
28 (32)
24 (85.7)
4 (14.3)
0.4
干罗音
33 (38)
25 (75.8)
8 (24.4)
0.1
陶瓷器皿
3 (3)
2 (66.7)
1 (33.3)
0.4
心血管疾病的迹象
心杂音
3 (3)
3 (100)
0
0.5
腹部的迹象
肝肿大
1 (3)
1 (100)
0
0.8
地图:平均动脉压、CRT:毛细血管再充盈时间。
表3
胸部x光片的结果(2016年12月1日,5月31日,2018;
N = 74)。
n (%)
阳性病例
n (%)
消极的情况下
n (%)
p
胸部x光片,异常
46 (62)
42 (91.3)
4 (8.7)
0.005
主肺焦点
33 (45)
29 (87.9)
4 (12.1)
0.2
胸恶性通货膨胀
15 (20)
15 (100)
0
0.04
支气管扩张
10 (14)
10 (100)
0
0.1
Horizontalisation肋骨
5 (7)
5 (100)
0
0.3
心脏肥大
2 (3)
2 (100)
0
0.6
多重rt - pcr结果显示7的存在类型的病毒和细菌物种之一。至少,一个病原体检测样品(83%)的71/86。最常见的病毒是RSV,发现46/86的样品(51%)、A型和B代表59%和41%,分别。第四的总样本,4%的患者一个第四亚型H1N1,房车在20/86(23%)的样品,发现睡觉是在2/86(2%)的样品,发现Cor229E在10/86(12%)的样品,发现hMPV在5/86(6%)的样本,并发现PIV4在2/86(2%)的样品。6%的患者
肺炎支原体 。合并感染被认为在22个标本代表所有样本的26%(22/86)和31%的阳性样品(22/71)。在合并感染两种病毒的情况下,19个样品是积极的。合并感染病毒/细菌中发现4例。最常检测合并感染RSV /组合犀牛(
n = 7)和RSV / Cor229E (
n =(表6)
4 )。
表4
生物住院病人的结果(2016年12月1日,5月31日,2018年)。
n
%
贫血(
N = 70)
19
27
白细胞(
N = 70)
白细胞增多
5
7
白血球减少症
23
33
血小板(
N = 70)
血小板增多
15
21
血小板减少症
10
14
c反应蛋白(CRP)
高c反应蛋白(> 20 mg / dL)
42
49
积极的病毒检测(
N = 86)
71年
83年
RSV-A
27
31日
RSV-B
19
22
房车
20.
23
Cor229E
10
12
hMPV
5
6
第四一个
3
3
四甲流
1
1
阿德
2
2
此外4
2
2
积极的细菌检测(
N = 86)
m .肺炎
5
6
单一的病毒检测
(N = 71)
48
68年
单一细菌检测(
N = 71)
1
1
合并感染(
N = 71)
22
27
RSV-A-RV
3
4
RSV-A-Cor 229 e
1
1
RSV-A-hMPV
1
1
RSV-A-IV一
1
1
RSV-A-hMPV -
m .肺炎
1
1
RSV-B-RV
4
6
RSV-B-Cor 229 e
5
7
RV-Cor 229 e
1
1
RV-hMPV
1
1
房车,
m .肺炎
2
3
hMPV-ADV
1
1
第四,
m .肺炎
1
1
RSV:呼吸道合胞体病毒,房车:鼻病毒,和229 e:冠状病毒229 e, hMPV:人类metapneumovirus IVA:甲型流感,IV H1N1:流感H1N1病毒,腺病毒,跋涉PIV 4:副流感病毒病毒类型4
m .肺炎:肺炎支原体 。
根据我们的研究,病毒的季节性分布不同,图形显示,病毒感染是在最冷的季节(秋季和冬季),当一些季节性呼吸道病毒并不完善。RSV病毒A和B是最普遍;他们经常出现在9月和12月。第四例发现1月,2月和7月;2月份流感H1N1病毒检测。5月份Cor229E是最主要的。房车是发现在研究过程中没有任何选择。其他病毒hMPV、副词和PIV4不太频繁(图
1 )。
图1
检测病毒和细菌在研究期间(2016 - 2018)。
![]()
我们比较流行病学、临床和放射学特征之间的阳性(83%),阴性样品(17%)。阳性的男性比例为62% (44/71,
p
<
0.001
)。早产率呈现阳性病例的64.3% (
p
<
0.04
)。剩下的一般特征(包括年龄、社会经济地位和环境的病人),两组之间的比较(表不显示任何意义
1 )。大多数临床症状和体征出现在两组,积极组的频率更高。差别无统计学意义。鼻阔口只出现在阳性病例
p
<
0.006
(表
2 )。
4所示。讨论
人类呼吸道暴露于病毒和细菌感染。肺炎是降低急性呼吸道感染的主要临床表现,这被认为是全世界儿童住院的主要原因。死亡率和发病率较高,特别是在生命的第一年(
14 - - - - - -
16 ]。
有几个实验室技术用于检测代理负责rti,包括免疫荧光、酶免疫测定,隔离在文化、和分子生物学。当前分子方法可以检测面板是一个庞大的病毒,和细菌也会使病因诊断效率更高,相比传统方法不敏感,其中大部分不适合快速诊断(
17 - - - - - -
19 ]。儿童医院在拉巴特空空,rti频繁,尤其是急性rti低;他们代表了很大一部分因各种原因引起的磋商(
2 ]。因此,精确的诊断是必要的(
19 ]。目前,各种各样的分子分析开发和商业化
20. ]。Ruuskanen等人报道,病毒感染的证据存在于使用分子诊断小儿病例的49% (
4 ,
21 ]。
我们首次研究,前瞻性数据关于病因的急性呼吸道感染子宫所对应的服务。我们评估的性能RespiFinder®智能22快86年摩洛哥患儿临床疑似肺炎。很高比例的样本阳性(83%)。大多数的患者病毒感染。此外,大多数病毒被发现在测试面板(RSV,房车,软木229 e、hMPV IVA, IV H1N1,睡觉,和PIV4)。Dabisch-Ruthe等人报道,有一个更高的临床敏感性RespiFinder-19检测的病毒。他们发现64%的呼吸道病毒气管分泌物(TS)样本
12 ]。这么高的积极性是类似于其他研究分子方法进行(
2 ,
22 - - - - - -
24 ]。
在这项研究中,最常见的病原体是RSV A / B。这是发现在53%的样本。根据一些研究,RSV (A和B)被称为最常见的原因在全球婴幼儿肺炎(
25 ]。大厅CB等人表明,RSV最大的疾病负担在儿童住院和门诊病人,特别是5岁以下的儿童(
26 ]。这个比例在婴儿是由于母体抗体在预防RSV感染无效(
24 ]。系统回顾发现史等人在2015年估计有3000万集的RSV引起的急性下呼吸道感染的大约三分之一在生活的第一年小于4岁儿童在低收入和中等收入国家。他们也在高收入国家大约280万集
27 ]。第二个在这项研究是RV病毒检测到23%。人类的房车是最常见的病原体上下呼吸道感染和感冒的主要病原体。它会导致严重的婴幼儿急性呼吸道感染(
28 ,
29日 ]。阿德是在2%的病例中发现;它是下呼吸道感染的主要原因在超过2岁儿童和成年人,但很少在新生儿和婴儿
30. ]。流感virus-detection-positive样本的占4%。根据公布的一项研究的结果在摩洛哥Ezzine等人在两个季节(2016/2017-2017/2018),阿里斯流感感染病例影响尤其成年人超过65岁(20.7%)和5至15岁的儿童(36%),而不到两岁的儿童有一个低利率(4.4%)(
31日 ]。四世闻名的季节性暴发期间ARI冬天几周(
29日 ]。据婆婆在巴西的一项研究发现,et al ., 0岁至18岁的孩子中,IV H1N1的病毒积极性更高频率(38%)(
32 ]。此外亚型4被发现在2%的情况下,据报道,阿里斯的更频繁的原因(
33 ]。异构组冠状病毒(HCoV 229 e, OC43、NL63 HKU1) (
34 ]。在我们的研究中,我们只发现Cor229E。冠状病毒的临床症状和其他参与rti新发现的病毒(人类bocavirus和hMPV)是类似于其他呼吸道病毒和公认的经常在年轻的时候
13 ]。我们的结果类似于其他研究儿童和婴儿
35 ,
36 ]。我们病因配合的一项研究结果发现Toulouze大学医院儿童患有阿里斯;使用RespiFinder 15个样品进行了分析测定,病毒的患病率是88.7%,RSV是最经常发现39.5% (
9 ]。关于细菌,只有6%的病人
肺炎支原体 ,81%的病例用抗生素治疗。细菌的低流行率可能解释为使用抗生素作为紧急行动与艺术怀疑的情况下使用。贝克曼和赫希检测
肺炎支原体 在2.1%的儿童和成人患者(
36 ]。
据一些研究报告,合并感染的发生率取决于不同人群和测试板(
37 ]。Bruijnesteijn van Coppenraet等人报道,双重感染的分子分析揭示了高频。具体来说,冠状病毒(75%)、RSV(58%),和房车(46%)经常发现混合感染(
8 ]。当前的研究显示合并感染阳性样本的31%,高频率之间的组合和RSV / Cor229E RSV /犀牛。几项研究已经指出,临床严重程度与不止一个病毒合并感染(
8 ,
37 ,
38 ]。另一项研究报告称,合并感染与提高临床严重程度无关(
39 ]。我们的结果没有显示出显著差异在临床严重程度之间的合并感染和单一感染。此外,临床表现不同的病原体往往是相似的。协会的病毒检测与临床特点显示了呼吸的迹象特别的优势(呼吸困难、呼吸急促、发绀、呼吸困难、气喘、和Rhonch)。临床症状和体征同意的研究实现了辛格年代等人在婴儿不到2个月(
40 ]。
5。结论
呼吸道感染的临床表现复杂,常非特异性。因此早期和快速检测相关的病原体是至关重要的。多重rt - pcr检测呼吸道感染不习惯的常规诊断在摩洛哥。使用它们在不久的将来可以帮助儿科医生选择一个适当的治疗,减少不必要的抗生素的整体使用,停止其使用的病人感染了病毒,启动抗病毒治疗和保持肠道菌群,并有助于减少院内感染,减少住院的长度,也会降低管理成本。多重rt - pcr检测为呼吸道感染可能是未来研究的主题更大的样本和不同年龄段的人群。
数据可用性
使用的数据来支持本研究的结果包括在本文中。
的利益冲突
作者声明他们没有关于这篇文章的出版的利益冲突。
[
]1
林奇
T。
面包卷
l
科尔纳
j . D。
系统回顾小儿细菌性肺炎的诊断:当黄金是铜牌
《公共科学图书馆•综合》
2010年
5
8
e11989
10.1371 / journal.pone.0011989
2 - s2.0 - 77957814302
[
]2
Jroundi
我。
Mahraoui
C。
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