AV 病毒学的进步 1687 - 8647 1687 - 8639 Hindawi出版公司 10.1155 / 2016/6341015 6341015 研究文章 分子检测的扭矩塔诺河Sus病毒合并感染和非洲猪瘟病毒在尼日利亚一些屠宰场的猪的血液样本 http://orcid.org/0000 - 0002 - 6170 - 4242 卢卡 Pam D。 1、2 2 Erume 约瑟夫 1 雅库布 Bitrus 2 Owolodun Olajide。 2 Shamaki 大卫 3 http://orcid.org/0000 - 0003 - 4420 - 2598 Mwiine 弗兰克·N。 1 Lo Presti 亚历山德拉 1 的生物分子和生物学实验室科学资源 兽医学院 动物资源和生物安全 Makerere大学 坎帕拉 乌干达 mak.ac.ug 2 生物技术部门 国家兽医研究所 Vom 高原州 尼日利亚 nvri.gov.ng 3 病毒学部门 国家兽医研究所 Vom 高原州 尼日利亚 nvri.gov.ng 2016年 19 10 2016年 2016年 01 06 2016年 15 08年 2016年 19 09年 2016年 19 10 2016年 2016年 版权©2016帕姆·d·卢卡et al。 这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。

扭矩塔诺河sus病毒1 (TTSuV1a / TTSuV1b)感染猪群中。本研究调查的患病率TTSuV1a / TTSuV1b在尼日利亚国内一些屠宰场的猪感染以及与非洲猪瘟病毒合并感染(ASFV),描述了系统与全球菌株。一百八十一(181)四个屠宰场的血液样本用于研究和病毒核酸检测是由PCR。比较序列分析来推断发展史。TTSuV1a / b的总发病率为17.7%。普遍存在的个体的基因型TTSuV1a和TTSuV1b 10.5%和7.2%,分别。合并感染ASFV / TTSuV1a / b是7.7%,而TTSuV1a和TTSuV1b是1.7%。ASFV单独检测样本总数的11.91%。尼日利亚TTSuV1a和TTSuV1b共享一个序列91 - 100%和95 - 100%的身份,彼此之间的分别。ASFV序列相同的基因型1 100%。 This is the first report on the presence of TTSuV1a/b in domestic pigs in Nigeria and coinfection with ASFV. Although the prevalence of TTSuV1a/b in Nigeria was low, we recommend further studies to establish the trend and possible role in the pathogenesis of ASFV.

 1。介绍

转矩塔诺河病毒(TTV)是一个小二十面体和nonenveloped,单链DNA病毒(ssDNA)。循环与消极的基因组,在人类首次报道日本posttransfusion肝炎( 1]。病毒也被报道感染国内动物如猪和野猪 2, 3]。台分为家庭Anelloviridae包括9属不同属 Iotatorquevirus。遗传分析表明,两种基因型的属 Iotatorquevirus(转矩塔诺河sus病毒1 (TTSuV1)和扭矩塔诺河sus病毒2 (TTSuV2)]和新组合基因型TTSuVk2属 Kappatorquevirus存在于猪( 4]。

扭矩塔诺河病毒已报告在全球分布与人类时段被无处不在的,而其他几个猪TTSuV感染的报道已报告在西班牙,意大利,俄罗斯,中国,最近在非洲乌干达( 5- - - - - - 8]。TTSuV报道与其他病原体但其合并感染的证据作为猪的病原体及其参与的因果关系尚未阐明( 6]。

TTSuV尚未引起的疾病定义虽然广泛传播和特定的物种。然而,TTSuV2(现在TTSuV1b)据报道在国内饲养猪与其他病原体如猪圆环病毒2 (PCV-2), E型肝炎病毒(HEV),断奶多系统消耗综合征(麻省理工),猪内源性逆转录病毒,Ndumu病毒( 9- - - - - - 13]。另一方面,TTSuV1a一直建议引发无菌的猪合并感染PCV-2[麻省理工发展 14]。此外,合并感染TTSuV1a和 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) [ 15也被报道;Blomstrom et al。 12)也公布了小说猪细小病毒的变种4 (PPV4)从bushpig ( Potamochoerus larvatus)coinfecting TTSuV1a和TTSuV1b。因此,潜在的猪TTSuV协会与其他疾病发生在猪的科学兴趣。

尼日利亚对牲畜产品的需求上升导致政府干预农业导致增加养猪( 16]。然而,随着1997年非洲猪瘟猪产业的前景继续减少( 17, 18]。一些地区在尼日利亚首选猪其他食用动物由于其相对快速增长,短周期和大型垃圾大小。考虑到广泛的/半精耕细作的农业系统常见的猪和人类的接触在尼日利亚和不断上升的除了可怜的农场实践,任何潜在的风险从TTSuV或合并感染与其他病原体可能导致公共卫生后果的猪的能力作为储层和/或发射机的几个新兴和重现疾病。ASF的监测在尼日利亚,血液样本选择屠宰场进行分析以确定TTSuV1的存在。本研究的主要目的是确定猪TTSuV1a和TTSuV1b基因型与ASFVs在尼日利亚。

 2。材料和方法 2.1。研究区和样本收集

收集血液样本181家国内猪从四个屠宰场在尼日利亚从四个地方:乔斯,Makurdi和伊巴丹屠宰场,Kafanchan猪屠宰市场板(图 1)。抽样进行了2014年1月和3月之间作为一个研究项目的一部分,在一些非洲猪瘟的流行病学猪生产的尼日利亚。这个项目被授权的国家兽医研究所(NVRI) Vom,兽医和联邦部门和害虫控制服务的联邦农业部、阿布贾。看似健康的猪屠宰场被取样。

尼日利亚地图显示的4个位置屠宰场收集的样本。

 2.2。样品处理和DNA提取

血液样本( n = 181年 )收集在无菌样品瓶和乙二胺四乙酸(EDTA)抗凝和保持在+ 4°C + 8°C到用于DNA提取。DNA提取进行了使用DNeasy血液和组织工具包(试剂盒,希尔登德国)后,制造商的指导方针。提取的DNA保存在−20°C等待PCR。

 2.3。确认的ASFV PCR

ASFV确认使用底漆对ASF-1与ASF-2根据手册诊断测试和疫苗( 19]。ASF特定引物瞄准的主要衣壳蛋白(VP72基因)278 - bp片段守恒的区域内被放大为所描述的世界动物卫生组织手册。478 - bp p72基因也被放大的糖基的基因所描述的巴斯托斯et al。 20.]。

 2.4。TTSuV1 TTSuV2检测和部分测序

样本中提取DNA用于TTSuV1a和TTSuV1b的检测。评估TTSuV基因型1 a和1 b从收集到的样本进行了分析通过放大一个翻译区(UTR) TTSuV1病毒基因组物种使用特定的引物据segal et al。 5]。放大了的GeneAmp®PCR系统9700机(美国应用生物系统公司)。

PCR扩增子决定1.8%琼脂糖Tris-borate-EDTA -(此种)缓冲凝胶与溴化乙锭染色。10毫升的PCR产物从每个管的混合1 μL 6 x的缓冲和电泳以及50个基点的DNA分子量标记(MBI Fermentas GeneRuler)以恒定电压100 V的45分钟1 x此种缓冲区。放大产品使用Doc™XR Bio-Rad凝胶系统。PCR阳性产品纯化使用向导®SV凝胶和PCR清理系统(美国WI Promega公司(麦迪逊)根据制造商的指示和筛选了30 μL EB。净化产品被Inqaba测序研究®,南非。

 2.5。TTSuV基因型流行的统计分析

TTSuV的患病率与生成的数据筛选和ASFV DNA在看似健康的人口进行了分析与统计检验进行SPSS 17.0版。学生的 t 以及,皮尔森相关和卡方/确切概率法是应用相关的地方。 P 值< 0.05被认为是显著的。

 2.6。系统发育分析

色谱在SeqMan编辑(DNASTAR Inc . Lasergene 9日,麦迪逊,美国)。编辑序列随后在BioEdit ClustalW保持一致 http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html。TTSuV1a之间的系统发育关系和TTSuV1b序列相比,本研究从先前公布的序列可以从基因库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank使用大型6.0 ( 21)构建系统树与田村3参数模型使用最大似然算法替换引导价值1000。

 3所示。结果 3.1。检测ASFV从血液

从四个屠宰场收集的181个样本,猪种群的整体积极性血率为12.71% (23/181)。位置方面,77年,24岁,今年42岁,和38收集血液样本从乔斯,Kafanchan,伊巴丹,和Makurdi分别。总共9(11.69%)、7(29.17%),5例(11.91%),和2个(5.26%)呈阳性ASFV乔斯,Kafanchan,伊巴丹,分别和Makurdi(表 1)。我们的结果表明,Kafanchan最多的猪ASFV阳性和Makurdi ASFV阳性数最低的。

流行的猪TTSuV1a和TTSuV1b物种在一些猪屠宰场在尼日利亚。

位置 TTSuV1a TTSuV1b 整体 合并TTSuV1a / TTSuV1b 合并TTSuV1 / ASF
乔斯 12/77 (15.6%) 2/77 (2.6%) 14/77 (18.2%) 0/77 (0%) 4/77 (5.2%)
Kafanchan 3/24 (12.5%) 5/24 (20.8%) 8/24 (33.3%) 2/24 (8.3%) 6/24 (25.0%)
Makurdi 1/38 (2.6%) 2/38 (5.3%) 3/38 (7.9%) 1/38 (2.6%) 0/38 (0%)
伊巴丹 3/42 (7.1%) 4/42 (9.5%) 7/42 (16.7%) 0/42 (0%) 4/42 (9.5%)
总阳性 19/181 (10.5%) 13/181 (7.2%) 32/181 (17.7%) 3/181 (1.7%) 14/181 (7.7%)
3.2。从血液检测TTSuV基因型

共有181个疑似样本收集从四个屠宰场,乔斯,Makurdi,伊巴丹,Kafanchan,分别ASFV筛查和TTSuV1基因组。的32个样本阳性TTSuV1基因型1 a和1 b R和TTSuV2F TTSuV1F / / R对引物扩增的屠宰场。TTSuV1a和TTSuV1b感染所有的屠宰场中发现了四个城市(表 1)。没有统计上的显著差异( p = 0.075 )之间的流行基因型1单独感染(10.5%,19/181)和1 b(7.2%, 13/181)四个不同的位置。然而,有统计学意义( p = 0.011 )合并感染的基因型差异(1.7%,3/181)和整体TTSuV1之间也感染(17.7%,32/181)和合并感染( p = 0.005 )与ASFV (7.7%, 14/181)。没有合并感染的基因型(TTSuV1a / TTSuV1b)检测在乔斯和伊巴丹。同样,合并感染TTSuV1 / ASFV中检测出所有的屠宰场除了Makurdi(表 1)。TTSuV1a比TTSuV1b更普遍(表 1)。

 3.3。系统发育TTSuV1基因型之间的关系

总共8 TTSuV1序列生成从基因库PCR产品和那些被用来推断发展史。从这项研究中获得的序列都是沉积在基因库加入号码kt160265 - 72。

TTSuV1a序列从我们的研究揭示序列相似性的91 - 100%,91% - -97%的其他序列基因库。的系统发育分析尼日利亚TTSuV1a并没有发现独特的聚类与其他全球基因库的序列(图 2)。

分子系统发育分析TTSuV1a和TTSuV1b UTR区域使用最大似然序列方法基于田村3参数模型。一个离散伽马分布用于模型进化速率差异(5类(+网站 G、参数= 0.3029))。只有引导值70%以上所示和序列从这项研究是大胆和高亮显示(红色)。

同样尼日利亚TTSuV1b序列显示彼此之间相似性的95 - 100%和85% - -97%相比,16个序列从基因库。然而,没有明确的地理分组观察系统(图 2)。

 4所示。讨论

我们所知,这是第一个研究在尼日利亚国内猪调查TTSuV1的存在。我们目前的研究证实感染流行(17.7%)在尼日利亚国内猪感染的2 TTSuV1基因型。尚不清楚样品数量或抽样赛季扮演了一个角色在流行率与边缘但我们的发现是在协议et al。 8在乌干达报告51.6%积极性从95年ASF研究期间收集的样本。TTSuV1中检测出所有的4个屠宰场但发生率很低而报道来自中国和乌干达( 7, 8]。

有趣的是发现基因型TTSuV1b的猪TTSuV1a相比更少,只有少数猪(3/181,1.7%)合并感染这两种基因型。这与先前的报道是一致的,布林克et al。 8在乌干达和梅et al。 7在中国)。

此外,我们还观察到合并感染的TTSuV1 ASFV国内猪在尼日利亚。有趣的是,TTSuV1和ASFV合并感染高于TTSuV1a / b但整体合并感染的基因型(32/181,17.7%)高于ASFV (14/181, 7.7%)。从样品分析的总数,ASFV检出率为11.6%。据报道ASFV一直流行在尼日利亚 17];然而TTSuV1的潜在作用的感染和流行病学ASFV仍需要作进一步的探讨。TTSuV1合并感染被报道与其他疾病的猪如猪圆环病毒相关疾病( 14, 15]。在人类中,电视与其他病毒合并感染被描述增强coinfecting病毒的致病性潜在代理,从而恶化临床表现( 22- - - - - - 24]。

基因,尼日利亚TTSuV1 UTR区域的相似性高TTSuV1b(95 - 100%)比TTSuV1 (91 - 100%)。同样,序列与其他全球TTSuV1透露身份相关的模式(TTSuV1a: 91 - 97%;TTSuV1b: 85 - 97%)。然而,先前的研究使用UTR区域没有揭示不同地理集群。尼日利亚序列的系统发育分析表明TTSuV1a和TTSuV1b分布在全球其他序列描述ICVT(2011)新分类。然而,从我们的研究显示一个类似的模式序列TTSuV1报告从西班牙和乌干达 5, 8]。

相比之下,其他的研究已经暗示ORF1衣壳基因作为标记的使用更好的分辨率和分子流行病学,因为选择压力下的基因( 5]。一个完整的基因组测序还主张更好的理解病毒动力学( 4, 25, 26]。

ASFV序列从我们的研究显示,100%获得序列的身份p72基因基因型1的所有其他成员包括在分析和系统集中在一起(数据没有显示)。

TTSuV1本身的能力引起疾病或影响ASF尚未完全阐明,但据报道是直接或间接地参与发展的其他疾病,如麻省理工和PCV-2。与PCV-2协会报道尤其是患病的动物( 12, 14]。总数的样本分析,14阳性ASFV看似健康的猪建议临床前的状态表现的疾病。系统,病毒是类似于之前报道的循环在尼日利亚。然而,ASFV带到屠宰场的猪正面可以ASFV运营商没有开发疾病或可能被带进屠宰场前可见迹象或部分紧急出售。

 5。结论

我们报道的发行量在尼日利亚TTSuV1 coinfecting ASFV和像世界其他地方TTSuV1a / b感染不是很普遍在尼日利亚国内猪。但是,在检测到TTSuV1 coinfecting ASFV和ASFV致命的本质,我们假设TTSuV1可能发挥加剧作用ASF在尼日利亚国内猪的发病机理。需要进行进一步调查建立如果这种趋势正在上升。的感染和流行病学的角色TTSuV ASFV需要作进一步的探讨。

 相互竞争的利益

作者宣称没有利益冲突。

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