1。介绍
异嗜性小鼠白血病这样一个2006年,一个新的gammaretrovirus,病毒相关病毒(XMRV),是由Virochip分析发现在前列腺癌组织从患者L核糖核酸酶的纯合子突变
1]。在这些患者中,天生的抗病毒防御L核糖核酸酶途径是有缺陷的;因此,这些患者可能易受病毒感染,人口更有可能找到一个新病毒与疾病相关。当第二个我们的研究发现,6%的前列腺癌患者,独立于L核糖核酸酶的突变,感染了病毒,从而扩大人口风险(
2XMRV加剧),兴趣。然而,后来的研究从美国
3,
4)和所有欧洲研究(
5- - - - - -
7]未能证实XMRV在前列腺组织的存在。最近有人建议XMRV检测在前列腺组织在美国可能与PCR的特异性和条件使用(
8]。
2009年,Lombardi和他的同事报告中XMRV病毒DNA的存在外周血白细胞从健康对照组的3.7%和67%的慢性疲劳综合症(CFS)患者(
9]。PCR扩增的检出率XMRV病毒DNA随后降低了CFS患病率为7%,估计的解释RNA提取和互补脱氧核糖核酸的合成需要达到67%患病率最初报道(
10]。罗和他的同事(2010)利用慢性疲劳综合症患者的主要档案材料检测pMuLVs的高患病率(86.5%)。这些都是类似,但构成不同组的,嗜异性XMRV所属内生亲性(
11]。然而,如何将这些问题考虑数据生成(
12),和许多其他的研究也没能证明XMRV或pMuLV感染和慢性疲劳综合症之间的联系(
13- - - - - -
19]。
b细胞淋巴瘤的病因不完全理解
20.),但临床和流行病学特征暗示某种传染病的参与(
21]。一些病毒(
22,
23)与b细胞淋巴瘤的风险,尤其是EBV [
24- - - - - -
26)和逆转录病毒与动物白血病。逆转录病毒集成可能导致体DNA变化导致B细胞的克隆扩张导致白血病之前已经描述成人t细胞白血病(ATL)和htlv 1 (
27]。
XMRV的地理差异和pMuLV患病率仍然无法解释。进一步探索这个,我们已经测试了各种组织来自不同人群;前列腺癌(PC) formalin-fixed石蜡包埋组织(FFPE)从日本和印度,新鲜的前列腺组织样本来自泌尿外科诊所在圣玛丽医院,伦敦,与英国献血者外周血。
最近一系列的论文(
28- - - - - -
31日)展示的标本可以污染小鼠的DNA序列。控制,所有组织标本被PCR检测特定脑池内的粒子(IAP),一个逆转录转座子中存在多个副本(~ 1000)在小鼠基因组(
32]。
2。方法和材料
2.1。样品和核酸隔离
前列腺活检收集来自55个病人泌尿科,圣玛丽医院,英国伦敦进行前列腺癌筛查的常规活检。所有的病人给书面知情同意他们的组织的目的研究倾斜(道德作品99号/ CCC / 166, 1999年8月)。使用QIAamp DNA的DNA提取迷你包(试剂盒,克劳利,英国)后,制造商的指示。
b细胞淋巴瘤教授提供的样本Kikkiri Naresh,病理中心哈默史密斯医院,英国伦敦。DNA从10弥漫型大b细胞淋巴瘤(DLBLC)患者从FFPE组织淋巴节点或淋巴结外侵犯弥漫型大b细胞淋巴瘤使用DNeasy血液和组织工具包(试剂盒)。简单地说,两个15
μ米部分被削减和转移到1.5毫升埃普多夫管。叶片样本之间的改变,以避免交叉污染。部分与二甲苯deparaffinised和乙醇,水化,孵化和蛋白酶K裂解缓冲在一夜之间55°C水浴颤抖和提取完成后根据制造商的指示。
二十FFPE前列腺标本包括10个前列腺癌(PC)和10个良性前列腺增生(BPH) Vedanayagam Ganesh Golpalakrishnan教授提供的样本医院,RS Puram,哥印拜陀,印度和十六个标本博士孝宏木系的泌尿外科,滋庆大学医学院、日本。从印度块,两个10
μM与QIAamp提取DNA片段FFPE组织工具包(试剂盒),根据制造商的指示。日本提供的样本presliced玻片。
随机匿名遗传损伤样本从捐赠获得测试部门在国家卫生服务血液和移植Colindale (NHSBT)中心,伦敦,英国。等离子体minipools是从NHSBT同样获得的。所有血液和血浆样本中提取试剂盒MDx Biorobot和筛选了80
μL的试剂盒缓冲大街。
2.2。XMRV,亲,和控制嵌套PCR
样本检测XMRV和亲使用嵌套PCR病毒DNA,像前面描述的那样
14]。短暂,我们使用一组引物,包含了24 bp XMRV的删除
呕吐领袖地区,最初作为一种新的人类描述来区分XMRV病毒,连同第二组引物反映序列保存在最亲。积极控制XMRV和亲pcr是质粒VP62 [
1]。PCR方法已被证明是敏感到足以捡起一份XMRV VP62质粒500 ng DNA的背景
28]。作为一个控制样本加法和PCR抑制,引物对人类β球蛋白(hBG)基因。DNA提取LNCaP(人类前列腺癌细胞)作为一个积极的控制人类β球蛋白。控制污染与小鼠的DNA样本,引物特定于鼠标IAP被用作前面描述的(
28]。积极控制IAP从麦科伊细胞DNA(小鼠成纤维细胞,ECAAC 90010305)。在所有pcr,至少6“没有模板”控制设置。所有PCR产品呈现在Ethidium Bromide-stained 2%琼脂糖凝胶。
2.3。XMRV,亲,控制实时pcr献血者的研究
实时PCR进行详细表
1。前病毒的DNA分析,10
μL的核酸提取分析分别在三个个人定量pcr (Q-PCRs)。
pcr用于测试血液样本的细节。
| 样品测试 |
聚合酶链反应 |
目标 |
引物和探针 |
周期(
N
) |
试剂 |
| 540年从全血dna |
XMRV库尔德人 |
呕吐 |
XMRV探针F R |
60 |
试剂盒QuantiTect探测设备 |
| 540年从全血dna |
SBCMV库尔德人 |
SBCMV质粒 |
SBCWMVCPF、SBCWMVCPR SBWMV237F |
45 |
ABgene绝对QPCR火箭mastermix |
| 540年从全血dna |
PDH库尔德人 |
PDH人类基因 |
PDH探针F R |
45 |
ABgene绝对QPCR火箭mastermix |
| 从全血600 NAs400年从等离子minipools NAs |
XMRV / pMuLV RT RT Taq Taq BMV的男人的人 |
呕吐BMV |
P2, F3, R4BMV探针F R |
45 |
试剂盒QuantiTect探针rt - pcr试剂盒 |
TaqMan试验条件下15分钟在95°C(15秒95°C, 1分钟60°C)×
N
周期。400纳米的引物浓度,使用200纳米探针在CDC的所有TaqMan化验除了亲库尔德人在每个探针的浓度是100 nM和引物浓度的PDH TaqMan 50 nM。
2.3.1。XMRV Q-PCR和内部控制
样本测试Q-PCR XMRV,描述麦考密克et al。
33)和修改详细表
1。Q-PCR控制的萃取效率和放大coextracted抑制土传麦片花叶病毒(SBCMV)质粒DNA, (
5.4
×
10
6
副本被添加到33毫升的试剂盒裂解缓冲AL用于抽取96个样本MDx Biorobot)。这个反应是被Ratti et al。
34]。这个反应的引物序列
SBCWMVCPF排气口(5′cac柠檬酸GGA CGG TGA GAT-3′), SBCWMVCPR (5′-GTG ATA CTG TGA GTC TGG TGA TGA TTT-3′)和调查
SBWMV237Fa(5′JOE-TTT TGT广汽CTT GGA GGT GAG GCA GTT ATG-BHQ1-3′)。
2.3.2。Q-PCR人类DNA的量化
人类DNA在每个提取的输入是衡量一个Q-PCR丙酮酸脱氢酶(PDH)基因。引物使用
PDH Taq 1(5′tga亚美大陆煤层气有限公司TTA TAC AAA ATT GAG GTC行动GTT-3′),
PDH Taq 2太极拳ACA (5′- GCC CTC广汽TAA CC 3′)的调查
PDHP(5′-VIC-CCC CCA手枪ACA亚美大陆煤层气有限公司总部GGA柠檬酸法CTT AAT TGT-Tamra-3′)。积极控制这个反应是一系列稀释的人类男性DNA(应用生物系统公司,沃灵顿,英国,商品目录号。4312660)。PDH阈值时的XMRV Q-PCR结果验证周期(Ct)值大于平均Ct - 3 SD, SBCMV控制大于平均Ct - 2 SD。要么控制无效的样本被排除在分析之外。
2.4。Gag序列的检测献血者的嵌套PCR
Nuclease-free水(Severn生物技术,基德明斯特,英国)中使用的cDNA和PCR混合制剂没有模板控制。核酸提取被嵌套PCR检测使用
呕吐引物所描述的Lombardi et al。
9和罗等。
11),但使用应用生物系统公司Taq黄金LD PCR酶(表
1)来解决这个问题出现的假阳性表达载体的使用聚合酶(
30.]。
2.5。存在放大XMRV / pMuLV献血者
XMRV / pMuLV
呕吐存在分析罗和他的同事所描述的(
11),但修改检测pMuLVs被用来测试核酸从全血,等离子体,等离子minipools。进一步的细节QPCR和列在表中存在的反应
1。这个反应的引物
F3(5′acc GTT TGT CTC太极拳TAA AC-3′)
R4(5′gg GTA亚美大陆煤层气有限公司GGC AGA TCG-3′),与调查
P2(5′-Fam-CCG ACA GCT CCC GTC CTC CCG-Tamra-3′)。Nuclease-free水(Severn生物技术)在用于rt - pcr混合制剂和没有模板控制。rt - pcr进行总量的50
μ包含1 x L,试剂盒QuantiTect rt - pcr缓冲和引物,和探针详细表
1。合成条件50°C 30分钟,其次是95°C 15分钟和45 95°C的周期为1分钟15秒60°C。二十
μl的核酸分析中存在的多路复用XMRV / pMuLV TaqMan与内部控制TaqMan反应(布罗姆花叶病毒(BMV)) (
35]。BMV RNA被加入到试剂盒AL裂解缓冲和co-extracted样本。有效样本如果BMV Ct值大于平均Ct - 2 SD。样品无效BMV控制被排除在分析之外。的敏感性存在被确定为150 RNA拷贝/毫升(75病毒颗粒/毫升)通过计算观测频率的底片使用泊松分布。
3所示。结果
3.1。XMRV检测组织样本的嵌套PCR
代表彩色凝胶后嵌套PCR如图
1。常规分析,0.11 pg的质粒DNA(代表约7000册/ PCR)被用作XMRV积极控制,亲。所有样本hBG序列通过PCR阳性。IAP PCR的灵敏度之前的研究已经证实,DNA检测只要0.0011 pg 500 ng DNA的背景
28]。结果列于表
2(a)。没有发现XMRV的证据或亲的FFPE前列腺组织样本来自日本或新鲜的来自英国的前列腺组织。印度的20个样品,4(20%)产生了PCR与亲性信号
呕吐引物(三个前列腺癌,一个良性前列腺hyperplasmia),其中,2/4 XMRV是积极的LTR引物(前列腺癌)。IAP PCR应用于相同的样本是否积极信号是由于老鼠的DNA污染。所有亲/ XMRV放大与IAP放大整合,除了一个前列腺癌呈阳性的样品没有亲IAP / XMRV放大。确认小鼠DNA污染是通过使用特定于小鼠线粒体DNA PCR引物(mtDNA)。虽然这PCR已被证明是IAP PCR(敏感度较低
28),2/20的印度样品(一个前列腺癌,一个良性前列腺增生)mtDNA)阳性。在这两种样品,IAP,亲
呕吐序列被放大。此外,一个是阳性XMRV(详细表
2(b))。
通过嵌套PCR扩增从新鲜和FFPE组织
|
新鲜的前列腺组织 |
日本的样品 |
印度的样品 |
LCBCL样品 |
| 癌样本数量 |
16/55 |
16 |
10/20 |
10 |
| 样本数量的非癌变(未知状态) |
18/55 (21/55) |
0 |
10/20 |
0 |
| 平均年龄(范围) |
未知的 |
未知的 |
72年(62 - 85) |
43 (27 - 83) |
| β球蛋白+ |
55/55 |
16/16 |
20/20 |
10/10 |
| XMRV + |
0 |
0 |
2/20 |
0 |
| 亲+ |
0 |
0 |
4/20 |
0 |
| IAP + |
0 |
0 |
5/20 |
0 |
| mtDNA + |
nd |
nd |
2/10 |
nd |
特定PCR结果从印度样品
| 印度的样品数量 |
癌症状态 |
使用特定的引物PCR结果 |
|
β球蛋白 |
IAP |
mtDNA |
MLV
呕吐 |
XMRV LTR |
|
| 6489 c / 10 |
癌症 |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
| 5383 c / 10 |
癌症 |
+ |
+ |
− |
+ |
+ |
| 5406年a3/10 |
癌症 |
+ |
+ |
− |
− |
− |
| 2896 c / 10 |
良性前列腺增生 |
+ |
+ |
+ |
+ |
− |
| 5349 c / 10 |
癌症 |
+ |
+ |
− |
+ |
− |
巷1:微波加工;通道2 - 4:
β球蛋白PCR在LNCaP DNA模板1轮产品,第二轮产品,和没有模板控制;道5 - 7:XMRV LTR PCR VP62质粒DNA模板1轮产品,第二轮产品,和没有模板控制;车道8 - 10:亲
呕吐PCR在VP62质粒DNA模板1号轮产品,第二轮产品,和没有模板控制;道11 - 12:IAP PCR McCoy细胞DNA模板和没有模板控制。
没有证据表明亲或XMRV病毒序列在DLBCL样本被发现,没有一个DCBCL样品了IAP特定的产品。
3.2。XMRV检测全血的实时PCR
XMRV病毒DNA从遗传提取放大来自540年捐助者。平均每个放大DNA输入93000个细胞(约0.56
μ克)。发现XMRV /亲RNA进行进一步600捐赠者和400等离子minipools,来自19200个人捐款。所有样品测试为阴性XMRV和亲序列。
4所示。讨论
使用高度敏感的pcr引物,检测XMRV和引物,检测MuLV-like序列,没有病毒DNA检测小鼠前列腺癌独立样本的DNA污染。这证实了我们之前的研究中,FFPE前列腺组织测试和XMRV /亲序列未能被放大(
28]。这里我们有添加进一步的数据表明,任何XMRV和MuLV-like序列中可以检测到新的英国前列腺组织或前列腺癌样本收集来自日本。印度显示亲的证据和XMRV样本序列当病毒基因组序列被嵌套PCR扩增。然而,这是整合与小鼠基因组DNA污染检测用引物IAP。iap反转位子活动存在的每只老鼠基因组(约1000册
30.]。因此,IAP PCR是一个高度敏感的检测方法对小鼠的DNA。尽管样本量太小(
n
=
10
),我们没有发现证据表明XMRV可能参与其他癌症,如弥漫型大b细胞淋巴瘤。
据报道去年XMRV已经大于60%的50个样本中发现英语献血者(
36]。相比之下,我们发现没有证据表明XMRV或在任何540的遗传损伤样本选择pMuLV NHSBT捐助者也不是我们能够发现MuLV-like序列DNA从全血或血浆的互补脱氧核糖核酸准备minipools从捐赠者在英格兰。有三种可能的解释。首先,没有亲性感染献血者在英格兰。其次,有亲性感染,但未能使用的化验检测,由于灵敏度或序列变异。第三,有亲性感染,但普遍太低被发现在样本大小测试。
研究人口亲性的存在是有争议的,鉴于有差异的结果(
37- - - - - -
39]。污染从序列中包含显然XMRV-positive样本,放大产品或质粒被建议作为一种发现的原因人类样本(亲
30.,
40]。研究XMRV CFS患者或慢性免疫调节的条件下,利用表达载体铂Taq (IPT)报告
呕吐序列同源性小鼠内源性逆转录病毒(> 99%
19]。这是指定为污染,尽管本文未能推测这个序列的来源。佐藤和同事(2010)最近报道发现RNA序列为主,相关pMuLV, IPT包含试剂(
30.]。另一项研究得出的结论是,MuLV-related序列的检测在人类与老鼠的DNA样本可能是由于污染,最有可能包含在不同的实验室试剂(
29日]。我们已经表明,小鼠序列可以出现在前列腺部分,导致假阳性发现XMRV病毒(
28]。系统概述认为前病毒的基因组序列存在于22 rv1细胞系的祖先发布的XMRV病毒序列(
31日];最后,它已经表明,映射集成网站XMRV的前列腺癌组织,认为明确确认XMRV临床样本的存在,至少是部分污染物派生(
41),进一步强调的污染可能发生。
污染的来源仍完全阐明。然而,鉴于大多数逆转录病毒与亲或者MuLV-derived向量系统实验室工作过,或者至少用小鼠试剂,至关重要的是,足够的适当的控制纳入所有pcr。
没有亲的样品分析在这项研究中,在没有伴随的小鼠基因组序列的检测,加强了对越来越多的数据质疑小鼠逆转录病毒感染人类的证据(
42]。总是挑战来证明一个消极的结果,但XMRV病毒很可能将被添加到长串RNA谣言病毒(
43]。